独立性原则是指思维主体在进行思维活动的时候，不被条条框框束缚，也不轻易听信权威，不被压力所屈服。思维主体必须遵守的是原则和实践的规则。只有坚持走实事求是的道路，才可能在思维创新上有所突破。总的来说，创新思维的独立性是指“不唯上，不唯书，只唯实”。
独立性原则是创新思维的内在原则，是创新思维与生俱来的特性，这一点可以从创新思维的特点中看出。创新思维的特点是灵活、新颖，这些特点决定了创新思维生来就具有独立性。
人是创新思维的主体，主体保持独立性，思维才能保持独立性。所以思维主体不能因为领导对自己不满，权威对自己进行批评，害怕触及传统势力的抵抗而进行思维上的妥协，作出一些违背良心的结论。
思维的独立性，不仅仅是说思维主体敢于坚持自我，力排万难，同时也指思维主体敢于解放自我，突破对自己的束缚。在进行独立思考的时候，思维主体要保持清醒的头脑，了解清楚当时的客观实际情况，同时也要了解自己的思想与观念，等等。
思维主体的观念与思想对创新思维有很大的影响，这很可能会影响到思维主体进行思维创新时的独立性。有的人虽然嘴上说进行思维创新，但他们还是在走自己的老路，不能改正自己的传统观念，而仅仅是进行一些样式上的革新，这样的思维创新是很难取得成效的。
而有的人过于小心，在进行思维创新的时候，常常会因为自己的想法太古怪而不敢继续下去，这样的思想会严重影响到自己头脑中思维的展开。
在19世纪末20世纪初，经典物理学被广大物理学家奉为圭臬，他们始终认为原子是不可分割的，这使得当时爆发了“物理学危机”。他们从来就不怀疑这条定律的正确性，就算新的物理理论出来以后，他们也用这条理论对新的物理理论进行检验。而越来越多的物理理论证明，经典物理学也是有错误的，这让许多的物理学家感到前所未有的恐慌、悲观。他们惊呼：“世界是不可知的，上帝主宰着地球，物质就是虚无。”有一部分物理学家转而研究神学去了。如此看来，没有独立性的思维，是不会有创新性的。新观念也会变成旧观念，正确的理论，在某种条件下也可能是错的。所以，思维主体应当引以为戒。
失去了独立性，那么创新思维也就失去了进取的机会。这里所说的独立性，不是指一个人把自己锁在屋里，单独进行研究。思维创新可以多人同时进行，他们之间可以利用头脑风暴法进行交流；独立也不是指标新立异，不能为独立而独立。独立是内在的，是思想上的，是精神上的。如果一个人把自己锁起来，不去接触社会，不去观察，不去与人交流，只是自己苦思冥想，这样是无法得到有用的思维成果的；独立也不是故意和别人唱反调，让别人觉得自己独树一帜，而这样的为独立而独立，只会被别人看成是“怪癖”。
