武则天起用狄仁杰为相，实在是因为朝中无人。就在天授元年、二年的这两年，被杀的宰相有七个，还有一个被流放。虽然还有武承嗣、武攸宁等做宰相，不过他们都是政治可靠，能力平庸之人。狄仁杰是拉来干活的。
但是这一时期气氛非常紧张，酷吏政治正是高潮阶段，最突出的特点就是罗织罪名，株连成风，成片打击。以来俊臣为首的一批酷吏无恶不作、不择手段、胆大包天、凶残无比。他们要打击谁，几乎没有理由可言，因为他们只要杀人，就是立功。杀的越是高官，功劳就越大。所以，身为宰相却又刚正不阿的狄仁杰在劫难逃。
狄仁杰九月入相，次年三月，来俊臣就告发了一个大案——包括三个宰相（任知古、狄仁杰、裴行本）在内的七个高官谋反。眨眼间，这些高官统统被捕入狱。
这不是一般的监狱，叫“诏狱”，意思是为皇帝特诏办理的案件而设置的监狱。实际上，诏狱纯粹是酷吏用来折磨人的行刑场。当时号称，“入此狱者，非死不能出”。
被捕之后，来俊臣诱骗他们说，只要老实坦白，可以从宽免死。大家都知道这是鬼话，然而狄仁杰出乎意料干干脆脆地承认自己谋反：“大周革命，万物唯新，唐朝旧臣，甘从诛戮。反是实！”来俊臣很高兴，于是放松了警惕，将他关在牢里，就等皇帝复核之后行刑。然而，他过高地估计了自己的智商。在这个等待的过程中，狄仁杰要了纸砚，偷偷拆了被头的帛布，写好了一个诉冤书，然后放到棉衣里头封好。之后对看守人员说，天热了，让家里人来拿回棉衣。看守人员也没有仔细查看。结果这份诉冤帛书，就顺利地被狄仁杰儿子狄光远送到了武则天面前。武则天立刻召见了他，问他为什么先前承认谋反而后喊冤。狄仁杰回答，如果不承认，早就死在酷刑之下了！于是武则天下令释放了他，同案的六人也都出狱了。
狄仁杰这次被诬陷，居然能够全身而退，实在是个奇迹，不能不说他的聪明灵活、见机行事，远在普通人之上。武则天时候还有一个宰相魏元忠，也曾受诬陷入狱，他一开始死硬，结果备受折磨，体无完肤，最后还是不得不承认谋反。当时人都说魏元忠和狄仁杰差距太大了。
当然，狄仁杰绝对不是一个贪生怕死的人。他在大是大非面前，是非常坚决的。就在这次关押的过程中，酷吏看狄仁杰这么快就认罪，自以为得计，就想利用狄仁杰来陷害别人，于是派了判官王德寿来劝说，希望他能举报尚书杨执柔，指证他也参与了谋反。狄仁杰问，怎么指证呢？王德寿很高兴，就说：你在春官（礼部）任职的时候，杨执柔也刚好在同部门做员外郎，你就说在这个时候搭上线的。没想到狄仁杰大喊道：“皇天后土，遣仁杰行此事！”然后一头撞向柱子，血流满面。王德寿吓得跑了，不敢再胁迫。
这就是狄仁杰，善于保护自己，也勇于保护他人。
后来，武承嗣曾多次奏请诛杀狄仁杰，都被武则天断然拒绝。事实上，狄仁杰是很受武则天赏识的，即使这次狄仁杰没有自救，相信武则天也不会置他于死地，因为将来她还要大用他呢。
