肠道微生物群包括多种细菌群落，它们执行影响宿主整体健康的各种功能。这些包括营养代谢、免疫系统调节和对感染的自然防御。某些细菌的存在与可能导致各种身体组织炎症的炎症分子有关。
炎症是许多慢性多系统疾病的基础，包括肥胖、2型糖尿病、动脉粥样硬化等心血管疾病、炎症性肠病、肠易激综合征和癌等症。这些疾病在全球发病率和死亡率中起着重要作用。炎症可能由细菌的结构成分触发，这可能导致涉及白细胞介素和其他细胞因子的一系列炎症途径。
在动物和人类身上进行的大量研究表明，肠道微生物群与炎症之间存在着重要的相互作用，这可能为治疗这些疾病的治疗干预提供信息。目前，炎症的几种生物标志物被认为不是慢性炎症的良好预测因子。通过进一步了解肠道微生物群、炎症和发病率之间的联系机制，可以确定描述疾病发病或进展程度的更可靠的生物标记物。
细菌代谢过程的副产物，包括一些短链脂肪酸，可以在抑制炎症过程中发挥作用。肠道微生物群与炎症分子之间的关系，似乎由于个人肠道微生物群组成不同，并且取决于多种因素，如饮食和遗传学，一些个人可能拥有与促炎作用相关的细菌，而其他人可能拥有具有抗炎作用的细菌。最近的技术进步使得能够更好地描述肠道微生物群。进一步研究以不断提高我们对与细菌相互作用的炎症途径的理解，可能会阐明不同个体对相同疾病的不同表现和对相同治疗的不同反应背后的原因。此外，它可以告知临床实践，因为抗炎微生物可以用于益生菌治疗或用于确定合适的益生元治疗。
一些微生物种类与抗炎作用密切相关，特别是prausnitzii粪杆菌。这些微生物可以在大型前瞻性研究中进一步研究，这反过来又可能为益生元和益生菌治疗改善炎症强调的条件的试验提供潜在信息。必须强调的是，炎症标志物是复杂的双向调节机制的组成部分，参与多种重叠过程，与感染和体内稳态的维持有关。因此，细胞因子、趋化因子和转录因子的动态作用需要通过机制研究进一步研究。
鉴于该领域许多现有研究机构在方法上的差异，有必要制定标准操作程序，以便更好地比较研究，并加快该领域内的研究和开发。在未来，这一研究领域很可能依赖于营养学、流行病学、医学、免疫学和微生物学研究人员的集体努力，需要更多的跨学科合作，以便更全面地了解宿主和肠道微生物群之间的复杂相互作用。
