根据《财政部 商务部 税务总局关于继续执行研发机构采购设备增值税政策的公告》(2019年第91号，以下简称91号公告)规定，税务总局配套制发了《研发机构采购国产设备增值税退税管理办法》(以下简称《办法》)。现解读如下：
一、《办法》出台的背景
为鼓励科学研究和技术开发，减轻研发机构研发成本，经国务院批准，财政部会同商务部和税务总局发布了91号公告，明确自2019年1月1日至2020年12月31日，继续对研发机构(包括内资研发机构和外资研发中心)采购国产设备全额退还增值税，并规定具体退税管理办法由税务总局会同财政部制定。为落实91号公告，便于研发机构办理采购国产设备退税，经商财政部，税务总局出台了《办法》。
二、《办法》的主要内容解读
(一)研发机构和国产设备的具体范围
办理增值税退税的研发机构和国产设备的具体范围，按照91号公告第一条、第二条和第四条的规定执行。
适用采购国产设备退税政策的研发机构，应于首次申报采购国产设备增值税退税时办理退税备案手续。办理手续时需要的相关资料包括研发机构资质证明资料、《出口退(免)税备案表》等。需要提醒的是，《出口退(免)税备案表》内容填写要真实、完整，其中，“企业类型”选择“其他单位”，“出口退(免)税管理类型”依据资质证明材料填写“内资研发机构(简写：内资机构)”或“外资研发中心(简写：外资中心)”，其他栏次按填表说明填写。
《办法》下发前已办理采购国产设备退税备案的研发机构，无需再次办理备案。
1.如何办理备案变更。已办理备案的研发机构，《出口退(免)税备案表》中内容发生变更的，须自变更之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更。
2.如何办理撤回。研发机构发生解散、破产、撤销以及其他依法应终止采购国产设备退税事项的，应持相关资料向主管税务机关办理备案撤回。主管税务机关应按规定结清退税款后，办理备案撤回。外资研发中心在退税资格复审前，因自身条件发生变化，已不符合研发机构的条件，应自条件变化之日起30日内办理退税备案撤回。
研发机构申报采购国产设备退税时，需提交《购进自用货物退税申报表》、采购国产设备合同、增值税专用发票或者增值税普通发票等资料。可办理的退税额，为增值税发票上注明的税额。
上述增值税发票的具体要求：1.增值税专用发票，在增值税发票综合服务平台上线后，应当已通过增值税发票综合服务平台确认用途为“用于出口退税”;在增值税发票综合服务平台上线前，应当已经扫描认证通过，或者已通过增值税发票选择确认平台勾选确认。2.增值税普通发票，为开具时间为2019年1月1日至本公告发布之日前的增值税普通发票[不含增值税普通发票(卷票)]。
研发机构采购国产设备取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报退税;已用于退税的，不得用于进项税额抵扣。
研发机构采购国产设备退税的申报期限，为采购之日次月起至次年4月30日前的各增值税纳税申报期。考虑到新冠肺炎疫情影响，2019年采购国产设备退税的申报期限，延长至2020年8月31日前的各增值税纳税申报期。
如果研发机构未能在规定的期限内申报退税，根据《财政部 税务总局关于明确国有农用地出租等增值税政策的公告》(2020年第2号)的规定，待研发机构收齐凭证及信息后，仍可继续申报办理退税。
(六)税务机关如何审核办理退税
如果研发机构属于增值税一般纳税人，税务机关经审核符合规定的，应按规定办理退税。如果研发机构不是增值税一般纳税人，或者虽然是增值税一般纳税人、但使用增值税普通发票申报退税的，税务机关须确认发票真实、发票所列设备已申报纳税后，方能办理退税。
(七)已退税的国产设备转移或移作他用如何处理
已办理增值税退税的国产设备，自增值税发票开具之日起3年内，设备所有权转移或移作他用的，研发机构须按照规定向主管税务机关补缴已退税款。补缴已退税款按以下方法计算：
应补缴税款=增值税发票上注明的税额×(设备折余价值÷设备原值)
设备折余价值=增值税发票上注明的金额-累计已提折旧
累计已提折旧按照企业所得税法的有关规定计算。
(八)违法违规的处理
如果研发机构骗取采购国产设备增值税退税的，主管税务机关应追回已退税款，并依照税收征管法的有关规定处理。如果研发机构涉及重大税收违法失信案件被依法公布信息的，研发机构将停止享受采购国产设备退税政策，并应及时办理退税备案撤回。
三、执行期限
根据91号公告规定，《办法》的施行期限为2019年1月1日至2020年12月31日，以增值税发票的开具日期为准。
