婚姻关系不会自动解除。因感情不和分居满两年只是准许离婚的一个条件，只要能够证明因感情不和分居满两年的，法院就应当判决离婚。离婚只有两个途径：
1、登记离婚：如果双方都同意离婚，并且对夫妻共同财产的分割及子女抚养问题达成一致意见的，可以由婚姻登记机关发给离婚证。
2、如果双方在离婚、夫妻共同财产分割、子女抚养三个问题中有一个问题不能达成一致意见的，则需由法院判决能否离婚。
二、法院判决离婚的依据
《中华人民共和国婚姻法》第三十二条规定：男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
(一)重婚或有配偶者与他人同居的;
(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;
(四)因感情不和分居满二年的;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形;
三、协议离婚的条件
(1)协议离婚的男女双方须有合法的夫妻身份。
(2)协议离婚的双方当事人须为有完全民事行为能力的人。
(4)协议离婚时必须对子女的抚养教育作出恰当、合理的安排，并达成一致的协议。
(5)协议离婚时必须对夫妻共同财产的分割做出适当的处理。
(6)协议离婚必须合法。
如果以分居作为请求法院解除婚姻关系的法定结果的话，那么分居时间不够两年的情况下也很难认定感情已经破裂。所以，有一种不可取的方法就是继续分居，等满两年以后就可以起诉离婚了，但是这种做法太消极，不计划回头的话还是要抓紧时间解决这件事。
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