1、分公司注销与总公司责任协议不可以对抗第三人，分公司是公司在其所在地外设立的从事经营活动的机构，分公司不具有法人资格。分公司的财产即为公司财产，分公司的民事责任由公司承担。即使分公司与公司之间对有关权利义务及责任划分进行了内部约定，也不足以对抗第三人。
2、分公司的财产即为公司财产，分公司的民事责任由公司承担，这是《公司法》确立的基本规则。以分公司名义依法注册登记的，即应受到该规则调整。至于分公司与公司之间有关权利义务及责任划分的内部约定，因不足以对抗其依法注册登记的公示效力，进而不足以对抗第三人。
二、分公司的特征
1、分公司是由总公司依法设立的，分公司的主要业务活动完全由总公司决定，分公司一般是以总公司的名义并根据它的委托来进行业务活动的。
2、分公司没有自己独立的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
4、分公司不独立承担民事责任，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关，总公司要对分公司的债务负无限责任。
5、分公司没有自己独立的名称和章程，而只能使用与总公司同样的名称和章程。
不管分公司成立的时候是否取得了营业执照，分公司都不具有独立于总公司的资产，且《公司法》明确规定了分公司的民事责任由总公司来承担，故此如果总公司、分公司签署的协议若约定分公司独立担责，那么此约定就是无效的。
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