存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。
我国刑事诉讼法第171条第4款规定：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。而根据我国刑事诉讼法第171条第三款规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民检察院可以作出不起诉的决定。
1、检察机关作出对存疑不起诉案件发现新证据后可提起公诉的规定，一方面突破了《刑事诉讼法》的规定，因为该法并未规定存疑不起诉后发现新证据可以再行起诉;另一方面，该规定对保障犯罪嫌疑人的合法权益极为不利。这种不利表现为：对于存疑不诉的被不起诉人，社会上对其会有“不清不白”的评价，罪与非罪悬而未决，社会各方面的排斥和冷遇时时可遇，日常活动很难开展。同时，由于高检院对何时发现新证据可再行起诉未作限制性规定，对未发现新证据的人，其直到死还会有案件挂着。因此，一些学者建议取消存疑不诉后再可起诉的规定。
“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
2、司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚，此时如能证实原先被不起诉的犯罪嫌疑人有罪而不将其交付审判，实有悖“违法必究”和“法律面前人人平等”的原则。
当然，作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。该建议有其合理性，值得研究。
存疑不起诉发生于刑事案件补充侦之后，若是案件在补充侦查之后，还是没有足够充分的证据，不满足起诉的条件，那么检察机关就可以作出不起诉的决定，这便是存疑不起诉，也就是所谓的疑点利益归于被告。而在作出存疑不起诉巨大之后，又发现了新证据的，那仍旧可以提起公诉。
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