工程施工合同履约保证金的交纳主要包括交纳方式、数额及接收，鉴于现在法律对此并明确，而该内容对当事人双方至关重大，确有探讨的必要。
首先履约保证金既然属于金钱质的一种，当然具有实践性之法律特点，即不交付就不生效。建设单位往往中标书中会载明，投标单位应按招标书要求交纳投标保证金，在符合中标的情况下，将投标保证金转为履约保证金，因此，只要施工单位参与了招投标，就实际事先交纳了履约保证金。在实践而言，不存在投标单位不实际交付履约保证金的可能性，因为若不根据中标书签订施工合同并交付履约保证金，中标单位就是违反招投标规定，会被没收中标保证金。那种认为建设单位直接将中标保证金变更为履约保证金是侵犯了施工单位的利益的说法是没有任何事实依据的。
当然，履约保证金既可以承包商自己提交;也可以第三方提交(但需得到招标人的认可)，但由此产生了与第三方的法律关系。
履约保证金的数额，我国法律没有任何规定，台湾行政院暨所属各机关营缮工程招标注意事项第十七条规定：厂商得标订约时，应提供履约保证金，以不低于决标价百分之十为原则。但没有上限，明显与施工单位不利。鉴于履约保证金是为支付违约金所作的担保，因此，参照违约金标准比较合理。根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(二)》第二十九条之规定：当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的“过分高于造成的损失”。结合实际，履约保证金约定在合同总标的的10%-30%为合理区间，具体可由双方当事人协商确定。
同样，如果履约保证金扣减或没收过高或过低的，也可以酌情调整，《深圳市中级人民法院关于建设工程合同若干问题的指导意见》中，对履约保证金是这样规定的：“建设工程合同约定履约保证金、质量保证金在工程质量不符合约定或未按期竣工时罚没，但实际损失少，保证金数额大，承包人认为全部罚没过高的，应当按照公平合理原则并参照合同法第一百一十四条关于调整过高违约金的规定处理。”。
履约保证金应交付给建设单位，转移占有，且应设立履约保证金帐户，不得与其他混同，也不得擅自挪用。这主要是基于履约保证金金钱质的特性。在合同履行过程中，出现扣除的情形，必须由双方签署书面履约保证金扣减协议或由建设方向施工方书面通知扣除理由、数额与时间。这样操作的好处在于：可以避免在第三方对该履约保证金主张权利时，理清其性质与数额，以维护双方当事人的合法权益。
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