验证稽查和常规稽查、专项稽查并列为海关三种企业稽查方式，与其他稽查方式相比，验证稽查具有四个方面的特殊性：
“工作目标”特殊。验证稽查是海关分类管理工作的配套措施，其工作目标体现为，一方面，通过评估验证企业守法状况或贸易安全情况，有针对性规范企业内部经营管理，引导企业守法自律，保障其更好地享受海关监管便利。另一方面，优化海关监管资源配置，减轻海关一线监管现场进出口通关压力，提高海关整体把关服务水平。
“管理对象”特殊。根据《分类管理办法》的规定，“已适用A类管理1年以上”且“上一年度进出口总值3000万美元(中西部地区1000万美元)以上”的企业才具备申请评“AA类”的资格。验证稽查的管理对象就是这些具备条件的申请评为或已经评为AA类的企业。除AA类企业之外，验证稽查还承担了对申请AEO企业的贸易安全验证工作。
“管理方式”特殊。验证稽查采取“事前准入验证”与“后续监控管理”有机结合，也即“前验后管”，对企业进行全面深入的管理：一方面海关在企业评定为“AA类”等级之前对其进行准入式稽查，验证企业是否符合海关管理要求;另一方面在企业评定为 AA类管理等级后，海关将在进出口通关过程中给予企业充分便利，因此有必要在后续管理环节在日常监控基础上，开展验证稽查等措施对企业进行管理，以确保 AA类企业的进出口活动不脱离海关监管。
“验证内容”特殊。验证稽查不仅要验证企业的守法状况，还要验证其贸易安全情况。随着我国对外经济贸易的发展和海关贸易安全国际认证合作(如AEO认证、C-TPAT认证等)的深化，“反恐”、“维护国际供应链贸易安全”等非传统职能日渐成为中国海关的主要工作内容，而验证稽查通过审核企业贸易安全情况，对企业的贸易安全情况作出客观公正的等级评估和资质认证，这正是中国海关与国际接轨开展贸易安全互认合作，为中国企业享受国际通关便利提供认证服务的具体体现。
