对于大本营制定的作战计划，前田参谋长深感忧虑。前田认为，攻占马尼拉和在其附近平原地区围歼美菲军主力的目标自相矛盾，很难同时实现。在回顾了1898年美西战争的历史后前田说，那时美国海军虽然控制了马尼拉湾，陆军也占领了马尼拉，但由于西班牙军队死守巴丹半岛和科雷希多，战争不得不陷入旷日持久的局面。前田指出，在马尼拉地区歼敌主力的计划难以实现，应该将巴丹半岛作为未来的主战场。——半年之后，山本的中途岛作战计划也是对南云提出了相互矛盾的双重目标，最终导致了机动舰队的惨败。对于参谋本部制定的作战计划，第十四军参谋部经过慎重研究后提出了三条疑问：
一、作战目标是占领菲律宾首府马尼拉，还是歼灭美菲军主力，需要进一步给予明确。
二、如果目标是歼灭美菲军主力，那么决战地点可能不在马尼拉附近，而最可能是巴丹半岛。既占领马尼拉又在马尼拉附近歼灭美军主力的目标很难同时实现。
三、如果在巴丹半岛歼灭美菲军主力，以第十四军现有的兵力是不够的。至少也要和马来亚以及荷属东印度方向的兵力相仿。
针对第十四军提出的疑问，参谋本部很快给予了答复：重点是占领马尼拉。菲律宾群岛上的那些三流弱兵从一开始就不是问题。大本营从大局出发，认为占领马尼拉即为菲律宾作战结束。若敌人逃至巴丹半岛或科雷希多，反而对我方有利，下一步采取扫荡战或者封锁战的方式进行围剿就大功告成了。
11月10日，就在首次陆海军协调会议召开之前，刚刚从台湾飞赴东京的本间中将就接到了参谋本部的通知，随后他来到了参谋总长杉山元大将的办公室。当他走进去的时候，另外两个军的司令官山下奉文和今村均已经在那里了。只有担负缅甸作战的饭田祥二郎中将远在西贡，没能及时赶回来。
当时关于马来亚和荷属东印度的作战，杉山总长已经和山下、今村达成了一致。看到本间进来，杉山总长打开了一张用铅笔勾绘的菲律宾作战地图，比划着对他说：“50天之内，攻占马尼拉。”
本间立即打断了总长：“请等一下，事情远没有那么简单。在摸清敌人的实力之前，是不是应该让我来估算一下占领马尼拉的时间呢？不清楚敌人的实力，根本无法预测取得最后胜利需要的是30天还是50天。”
“这个你不用担心。前田中将将出任你的参谋长，最近参谋本部的田村大佐也对此做了很多调查。”
“话虽如此，但是前田中将对菲律宾的认识，恐怕还停留在他担任大尉的时代吧。那时候与现在是有很大差异的。”
杉山大将没有作声，面露不悦之色。
“第十四军兵力不够。在之前多次的方案制定中，用于菲律宾作战的都至少有3个师团以上的兵力。”
杉山终于发了火：“这是参谋本部认真研究得出的结论，有困难的何止你一个人？帝国现在是国难当头！”
“那么，除了上述兵力之外，还能拨给我一些预备兵力吗？”
“不能！怎么？难道你拒绝接受大本营的命令？！”杉山简直气不打一处来。中国战场拖住了日本陆军的主力，在中国东北，关东军的数十万人马还要时刻提防来自苏联的威胁。参加南方作战的11个师团，正是通过挤牙膏的方式从各个战场抽调出来的，此时的日本本土，几乎是不设防的。虽然饭田祥二郎的第十五军和今村均的第十六军名义上都有三个师团，但眼下他们手中各只有一个师团，其余兵力还都是空头支票，要等马来亚、香港、菲律宾战役结束后从那些战场抽调。要不是开战在即，杉山真想立马就将本间这样的胆小鬼免职。此时他肯定想到了坐在一旁的山下奉文。看看山下的境界，给人家四个师团人家还主动退回来一个，人比人气死人，差距呀！
“不，我不是不接受任务，只是觉得50天的期限没有充分依据。”尽管之前并不赞成日本对英美开战，但是作为职业军人，不参加南方战役这样千载难逢的好机会简直是不可想象的。这也正是本间和山下的不同。山下属于鲁莽型武官，一旦遇到问题就会誓死力争，不达目的决不罢休。作为文人型军人的代表，本间则一旦认为不可能就会自动放弃。
见此情形，一边的山下和今村也连忙插话劝解：“总之，全力以赴吧，本间君。”
“除此之外，也没有其他办法呀。”本间唯唯诺诺地应了下来，一边的杉山总长依然是满脸怒色。
本间只好悻悻地回到第十四军司令部，率领前田参谋长及一众参谋，对未来的作战进行谋划。大家在菲律宾的主登陆点上反复斟酌，考虑到美军向菲律宾增派了部分潜艇，如果在水势较深的八打雁一带登陆，很容易遭到潜艇的伏击。因此大家最后商定，将主登陆点定在林加延湾和拉蒙湾两地。
第十四军攻占菲律宾的作战计划如下：
一、开战伊始，以台湾和帕劳为基地，以陆海军基地航空兵力对吕宋岛的美国空军实行航空歼灭战。在此期间，以一部分航空母舰兵力攻击棉兰老岛方面，策应上述航空歼灭战。
二、从12月10日至12日，以陆、海军先遣部队占领并确保巴坦岛、阿帕里、维甘、拉奥、黎牙实比等各处机场，延长战斗机航程，并以这些机场为前进基地加强航空作战。然后尽速占领和乐岛，切断菲律宾与荷属东印度群岛之间的联系。
估计击败美空军主力大致在开战后3日之内，歼灭其残余势力大致在开战后9至12日内可以做到。
三、12月23日前后，进攻部队第十四军主力第四十八师团在林加延湾登陆，第十六师团一部在拉蒙湾登陆，南北两路夹攻马尼拉。为了能让第四十八师团尽快投入荷属东印度攻略，作为第二梯队的第六十五旅团应尽早在主力之后登上吕宋岛。
与吕宋岛上美菲军的会战，预定在马尼拉周围地区进行，通过马尼拉市攻防战击溃敌野战部队，占领马尼拉预计在开战之后50天左右。
四、12月14日左右，以第十四军一部协助进攻荷属印度支那的第十六军—部登陆棉兰老岛，占领菲律宾南部政治、军事、经济中心达沃。在推进航空基地的同时，彻底切断美军从珍珠港、澳大利亚等方向增援菲律宾的通道。
随着开战日的日益临近，日军的各项准备工作也在紧锣密鼓的进行之中。到1941年11月底，预定用于占领吕宋岛北部和东南部的先遣部队已在马公和帕劳群岛集结完毕。12月1日，第十四军司令部从台北推进到高雄。同日，预定在马尼拉东南方拉蒙湾登陆的第十六师团抵达出发地点奄美大岛。12月6日，预定在林加延湾登陆的第十四军主力已分成三个船队集结于高雄、马公和基隆三地。综合各部，仅仅用于运输兵员和装备的运输船就达120艘之多。
陆军第五飞行集团之前在中国东北的齐齐哈尔附近接受训练。它们于11月下旬出发，12月6日进驻台湾南部的屏东、潮洲、佳冬等机场。
冢原中将的海军第十一航空舰队下属第二十一和第二十三航空战队已经在台湾南部的航空基地准备就绪。
由于战斗机的航程远比轰炸机要短，如果想从台湾起飞以保护攻击马尼拉的轰炸机群，必须增加它们的续航能力。第十一航空舰队在训练中想尽了一切办法，逐渐从零式飞机182加仑的总油量中挖掘潜力，将油耗从每小时35加仑降低到了17加仑，但是最保险的办法还是在机翼下装上副油箱，待油料用完或者投入战斗前丢弃，在保证供油的同时保持飞机的机动性。然而直到战争临近之时，战机所缺乏的20毫米口径机枪弹和副油箱仍未送达。这让第十一航空舰队参谋长大西泷治郎少将焦急万分。
时间已经到了12月6日，所需的东西依然没有送达。急不可耐的大西参谋长紧急派出大型运输机返回国内，所需枪弹和副油箱终于在12月7日深夜运抵台湾。此时，距离发动攻击只剩下几个小时了。整整一个晚上，日本各攻击部队都在紧张地忙碌着。
此前，已经有三支小型登陆部队离开了台湾岛。其中两支约2000人的部队朝向北吕宋，分别负责攻占维甘和阿帕里。最小的那支部队只有490个人，他们的目标是吕宋岛北面的巴坦岛。
三个地方有一个共同点，就是都有美国人修建的机场。
（照片：日本陆军参谋总长杉山元大将）
