同治三年的时候，清王朝的国力日渐衰弱，已经不复往日的荣光了。一方面，太平天国的势力越来越强，几乎可以与清朝平分江山;另一方面，陕西和甘肃地区的回民不断发动暴乱，以此来动摇清政府的统治。于是，心怀不轨者感觉有机可乘，便在新疆地区制造叛乱，想要浑水摸鱼。
很快，新疆地区就形成了五个割据政权。其中一支为了吞并其它政权，主动向浩罕汗国求兵。而浩罕汗国也想趁着混乱，在新疆地区分一杯羹，于是，派阿古柏率兵进入新疆，不停地掠夺我国资源。在获得了本国政府的支持后，阿古柏肆无忌惮地强占了我国的喀什噶尔新城。
当时，清政府正忙着镇压太平天国，还顾不上处理新疆的事务。于是，阿古柏见状，继续侵占我国领土，并吞并了周围几个小股政权。随着地盘的扩大，阿古柏的野心越来越大，甚至，在1867年建立了哲德沙尔汗国。
看到阿古柏在新疆要风得风，要雨得雨，沙俄也有了侵略我国的想法。于是，为了得到阿古柏的帮助，沙俄宣称自己承认阿古柏政权的存在。清政府见状曾多次与沙俄进行谈判，但是，趁火打劫的沙俄总是顾左右而言他。所以，为了捍卫领土，清政府决定派景廉、成禄等人去对抗阿古柏。
但不料，身为乌鲁木齐提督的成禄却畏敌如虎，始终不肯前进一步。刘铭传得到命令后称病不出，想要将这烫手的山芋交给别人。景廉虽然有心杀敌报国，但担心自己缺少经验，不敢单独出战。可见，大臣们看到这个状况，都对收复新疆一事打起了退堂鼓。
甚至于，李鸿章等人认为：边防并非主要，当务之急是要加固海防。于是，同治皇帝看到无人主张守卫新疆，也不禁的犹豫了起来。但是，值此国难之时，左宗棠却以舍我其谁的勇气挑起了重担。在朝堂之上，左宗棠严肃地说道：
“新疆一事关乎国家主权，一点都让不得。如果，无法确保新疆的安全，那么，朝廷就危险了。那些想要舍掉新疆而守卫内地的人，根本就是痴心妄想。”
其实，左宗棠并非空口说大话之人，他向皇帝表明了决心后，便开始了自己的准备。
他先向清廷申请军费，以此来给军队装备武器。但不料，清政府的国库非常空虚，只肯拿出二百万两。当时，左宗棠已经六十多岁了。年过花甲的他，遇到苦难后，并没有灰心丧气，而是决定自筹军费，然后，自己制造武器。
之后，左宗棠在全国各地寻找制作武器的专家，并创办了西安机器局与兰州制造局。等到新式枪炮制造出来之后，他冷静地与阿古柏的武器进行对比，感到忧心忡忡。因为，当时阿古柏装备的是恩菲尔德M1853前装线膛枪和恩菲尔德M1866后装线膛枪。
这种装备，在战斗的时候，其士兵可以在一分钟内射出十发子弹。而且，他们可以进行连续射击，不需要打一枪换一次子弹。
在十九世纪，这样的军队无疑令人心惊胆战。
然而，左宗棠并没有被阿古柏的武器吓到，他积极地联系德国军火商，很快便买来了一批毛瑟步枪。毛瑟步枪的弹匣虽然只有五发子弹，可是，它胜在后坐力小，精准度高。除此之外，左宗棠还在自己的制造局中，对老式劈山炮和鸟铳进行了改造，使得它们的威力得到了很大的增强。
光绪二年(1876年)，六十九岁的左宗棠在肃州誓师，然后，向阿古柏叛军发动了进攻。为了鼓舞士气，也为了表达自己不胜不归的决心，左宗棠毅然抬着自己的棺材出征。看到大帅准备的棺材，清兵无比感动，纷纷叫喊着要与叛军决一死战。
阿古柏虽然武器精良，但看到如狼似虎的清军后，也不由地心头一震。他本想一举消灭清军，但很快便被毛瑟步枪打的抱头鼠窜。到1876年年底的时候，他眼看大势已去，便丢掉了北疆的全部地盘。1877年五月，阿古柏暴病身亡，哲德沙尔汗国自此崩溃，左宗棠获得了胜利。
可以说，在内忧外患之际，左宗棠克服了种种困难，成功的收复了新疆，对于后人来说，他是当之无愧的民族英雄。1885年9月5日，左宗棠在福州病故，享年七十三岁。他在临终口授遗折时，不仅感激朝廷的知遇之恩，还提出了诸多富强之策和对光绪帝的劝勉。
可见，左宗棠到死都在为清朝出谋划策。
