崇祯时运不济，他接手的是一个内外交困的烂摊子，衰亡的征兆在他出生之前早已初见端倪。他力图挽狂澜于既倒，他勤于理政，事必躬亲，常朝不停辍，召对时时举行，十七年来未稍懈怠，然而“所用非人，卒至寇乱，身殉社稷”，崇祯最大的也是致命的缺点就是没有识人的眼光、没有用人的气量，没有纳谏的气度，刚愎自用，自以为是，用人不专，疑神疑鬼，更调频繁，惩处随意，搞得臣下畏首畏尾，离心离德，及至魂归煤山，陪他而去的只有贴身太监一人，愿为他的社稷殉葬的也不过寥寥数人而已。
崇祯即位之初，以雷厉风行之手段收拾了魏忠贤。民间欢呼不已，《五人墓碑记》称颂他为“圣人”，天下对他中兴明朝抱有极大的期望，然而因为他的多疑和刚愎，亲手的处死了大明的长城民族英雄袁崇焕，亲手的毁掉了大明的最后一根救命稻草。
大明崇祯十七年(1644年)，明王朝面临没顶之灾。明军在与农民起义军和清军的两线战斗中，屡战屡败，已完全丧失战斗力。三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山(也称万寿山，今北京市景山)，远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。
回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈良。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你十八年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死？”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧！”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由忙又召来15岁的长公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊！”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催张皇后自尽。张皇后隔帘对朱由检拜了几拜，自缢身亡。
十九日凌晨，李自成起义军从彰义门杀入北京城。朱由检咬破手指写了一道给李自成的血书，说自己所以有今天，都是被臣下所误，现在死了也无脸到地下见列祖列宗，只有取下皇冠，披发遮面，任你们分割尸身，只是不要去伤害百姓。他将血书藏入衣襟，登上煤山，自缢于寿皇亭。王承恩也在对面树上吊死殉国。
李自成进城后，将他的尸体抬到东华门，搜出身上的血书，葬在昌平州。当地人民又将他合葬在田贵妃墓中。满清军入关后。将他移葬思陵，谥为怀宗，后改谥庄烈帝。南明政权谥他为思宗烈皇帝，后又改谥为毅宗，史又称崇祯。
崇祯帝卒后，南明弘光年间谥思宗烈皇帝。庙号思宗，后改为毅宗。后金改为庄烈愍皇帝。庙号怀宗。葬北京昌平思陵。
