张居正变法是中国封建社会末期一次重要的自我挽救行为，尽管这次改革并没有取得成功，依然有很多地方值得我们去探讨，在张居正变法期间，曾对全国各地的书院进行了大规模的查封运动，以至于其间几乎无书院的存在，按我们现代人的思维，普及教育是一件大好事，“宰相之杰”张居正为什么就这么反感呢？与此同时，张居正还杀了当时着名的学者何心隐，这又是为什么？
只有一个原因，因为书院的存在已经影响了改革的顺利进行，书院所传播的理念与张居正变法的理念背道而驰，张居正作为摄政者，必须采取查封全国书院的行动，以统一改革思想，保证改革顺利进行，铁腕之下，书院荡然无存。
客观的说，明末的思想风气较之唐宋显得比较浮躁，注重于“务虚”，特别是王阳明所宣传的“心学”已经成为了士大夫所广泛接受的思想，至万历以后，空谈之风日盛，提倡心外无物，不假外求，而没有实实在在地在学问上下工夫，士大夫们整天热衷于开座谈会，搞辩论赛，形成了完全脱离追求客观真理的氛围，导致书院讲学之风兴起。
我们知道，张居正是一个现实主义者，不喜欢务虚空谈，更不喜欢讲学座谈，改革需要的是切实的做出政绩，按张居正的做法，就是要必须符合考成法，用现在的话说就是要达到KpI考核，绩效标准达不到，你这官恐怕也就当到头了。
然而，这却引起了广大士大夫的反对，书院是他们讨论学问，交流思想，传播政治理念的重要场所，查封书院，就意味着封闭了言路，用现在的话说叫禁止了“言论自由”，甚至包括内阁次辅吕调阳也对张居正的行为表示不满，再大的反对也挡不住权力的力量，万历七年正月，作为摄政者的张居正正式闭锁书院，据说全国有六十四所书院被迫关闭。
明末书院林立，非常有名的书院有东林书院、白鹿洞书院，龙城书院等，大量的士大夫都非常喜欢在各大书院讲学，而且都是为了宣扬阳明心学，而何心隐便是当时泰州学派讲学的代表人物，他的言论对于当时的张居正是极为不利的，于是张居正只得利用权力杀了他。
张居正强调：“法制无常，近民为要，古今异势。便俗为宜。”“人情物理不悉，便是学问不透。”这在那个言必称孔孟的时代，提出不体察民情，便是学业不到家的特殊见解，大大突破理学的禁锢，他自憾位居高官，对民间猥俗犹如隔岸观花，不如底层下属了解民间疾苦，要求当官的、做学问的走出衙门和书斋，面向实际，把治学理政与解决国计民生结合起来，这对陈腐的思想界无疑是一大触动。
诸如何心隐这样的人，在书院里讨论了很多政治问题，特别是关于张居正的改革，对朝政指手画脚，又因为他们在民间的影响力太大，就有不少人依附他们的理念，导致形成“务虚”的社会风气，而要顺利进行改革，这种社会风气是要不得的，必须扭转这种不良风气才行，于是，张居正采取了比较激进的举措，利用封闭书院的行动，无疑是向世人特别是士大夫传达了一个讯息——一切都要按考成法来，不要想着吃大锅饭了！
还有一个原因，那就是有些执政官员就是书院的成员，比如内阁次辅吕调阳就是比较喜欢讲学的，于是，书院经常集结在野人士，发挥出“遥控时政”般的强大实力，如果说张居正封闭书院的目的，在于不让其干涉朝政，不让其影响变法，这是明面上的，还有一层不可言喻的，那就是避免官员之间因为政治立场不同而结党。
如果说在张居正这个年代，书院还只是用来讲学、传道的话，那么从大明王朝以后数十年的发展我们可以发现，张居正闭锁书院是有先见之明的，书院果然成为了一些政客结党的场所，而且形成了明末着名的党派——东林党。
东林党与阉党的斗争，贯穿了整个晚明史，东林党人为拯救大明江山，以书生之力披肝沥胆，奋发图强，诸如前期的顾宪成、左光斗、高攀龙，后期的黄宗羲等人，必须肯定，在道德层面上，这些以天下为己任的东林党人的高尚气节是值得学习的，然而，继续“务虚”的作风却为明朝的灭亡埋下了祸根，其实通过东林党人自己所编写的书籍可以看出，在后期部分士大夫已经明白了求真务实的道理，比如陈子龙曾编写过《明经世文编》，顾炎武编写《天下郡国利弊书》，黄宗羲编写《明夷待访录》，就是总结明末的经验教训，希望后人能做到经世致用。
