司马德文是东晋最后一位皇帝，当时权臣刘裕派王韶之杀晋安帝，然后拥立司马德文为晋恭帝。此后刘裕进爵宋王，其他方面的待遇几乎和皇帝无异。司马德文原本就是刘裕手中的傀儡皇帝，即位后也没有任何实权，刘裕看准时机便设计晋恭帝禅位，自己随即称帝。司马德文虽然照做，但依然没能逃过一劫，最后还是被刘裕给派人杀害。一代帝王的经历令人唏嘘，晋朝也就此覆灭。
晋安帝时期，桓玄叛变随后控制了东晋，并于403年篡位建立了桓楚政权。虽然桓楚存在时间前后只有七年时间，并且桓玄自建立桓楚后仅半年多就被刘裕打败而后被杀，但桓玄的叛乱却对东晋的皇权造成了巨大冲击。出身寒门庶族的刘裕，其后掌权成了东晋举足轻重的人物。
刘裕掌权后，不仅排挤和他意见不合的大臣，而且挟天子以令诸侯并逐渐有了杀害晋安帝自立的企图。晋安帝虽愚笨，但晋安帝同父同母的兄弟司马德文却智、体健全。也许司马德文和他的先祖司马懿比弱了许多，但司马德文也算能文能武。
司马德文知道刘裕有杀害晋安帝之心，于是他便寸步不离陪伴在哥哥身边。但尽管如此，最后晋安帝还是被刘裕派王韶之杀害。虽然此时刘裕就想称帝，但图谶(意同算卦的书)中说，昌明(晋孝武帝)之后有二帝。
所以，尽管杀死了晋安帝，刘裕还是不得不又立司马德文为新君，是为晋恭帝。
司马德文是晋安帝的同父同母兄弟，在当时的东晋也历任过不少要职。桓玄叛乱时，司马德文还曾带兵平叛。但司马德文身处东晋末世，此时的东晋王朝早已是病入膏肓。如同人间的疾病，病入膏肓就是华佗在世也无能为力，一个王朝也同样如此，又况且司马德文也不是有大能力大德行的人。
司马德文只是刘裕为了顺应图谶拉来垫背的，所以后来等到420年刘裕见时机成熟，于是命党徒傅亮草拟好禅位诏书，然后入宫逼迫司马德文誊抄。司马德文倒是很爽快的答应了，而后被降为了零陵王。其后刘裕称帝建立了南朝第一个朝代刘宋，东晋自此彻底灭亡。
虽然司马德文禅位后，吃穿用度依然按照晋朝的规格，但却失去了先前的一些自由被严加看管了起来。褚秀之、褚淡之是司马德文皇后褚氏的哥哥，但当司马德文夫妇遭难后，这两位兄长竟卖主求荣做起了刘裕的走狗，协助监视司马德文夫妇。
司马德文和褚皇后生有一个儿子，后来竟也被褚秀之兄弟遵照刘裕的意思害死了。真是一朝马死黄金尽，亲者形同陌路人。人性向来是贪生是丑恶的，生死一线，亲舅舅竟能以亲外甥的生命苟活，这便是人性之弱。
杀死了司马德文的儿子，刘裕接着又向司马德文本人挥起了屠刀。刘裕是要彻底摧毁士族门阀，彻底改朝换代。司马德文也知道刘裕肯定不会放过自己，所以终日惶恐不安如坐针毡。司马德文和褚皇后共处一室，每日的饮食都是褚皇后亲力亲为，所以一时间刘裕无从下手。
但刘裕势必是要弄死司马德文的，要不然他没信心彻底翻天覆地。于是421年的九月，刘裕命令琅琊侍中张伟带着毒酒去毒杀司马德文。张伟不愿害主，但又无法违抗刘裕的命令，于是在路上自己喝了毒酒自杀了。刘裕得知后大怒，于是十一月派褚淡之假意探望褚皇后，命令自己的亲兵偷偷跟在后面。
趁褚皇后外出迎接兄长之际，刘裕的亲兵越墙闯入了司马德文的室内，然后把毒酒放在他面前逼迫他快喝。司马德文信佛，他说在佛教的教义中，和毒酒身亡的人来世无法投做人胎。所以司马德文拒绝喝下毒酒，但这位晋恭帝最后还是被刘裕的亲兵用棉被捂死。
司马德文被杀后谥号“恭帝”被葬于冲平陵，刘裕带领文武百官亲临送葬。司马德文的一生总的来说算不上幸运，他虽然没什么大能力大德行，甚至年轻的时候还有些残忍。但作为弟弟，他做到了孔子所说的悌。
