孙元良原籍浙江绍兴，1904年生于四川成都华阳。孙元良的家庭背景很不错，父亲孙廷荣，曾任清廷知县。叔父孙震，曾任第二十二集团军司令官、国民军第五绥靖区司令官等职。孙元良的儿子孙仲祥，又名秦汉，台湾电影明星，其知名度远在父亲之上。孙元良出身黄埔，系“天子门生”，有“飞将军”之称。这个雅号可不是褒义的，又名“长腿将军”、“逃跑将军”。
早在1926年国民革命军北伐时，孙元良就曾是战场上可耻的逃兵。当时，蒋介石的嫡系第一军第一师和程潜的第三军攻打江西的孙传芳。第一军贪功冒进，贸然攻打南昌。侥幸得手后不思巩固战果，反而大肆寻欢作乐。结果孙传芳部连夜反击时，第一师师长王柏龄正在窑姐的床上，党代表缪斌也临阵脱逃。结果第一师一败涂地，南昌得而复失，王柏龄和缪斌遁逃避祸。
孙元良时任第一师第一团团长，当时负责驻守牛行车站。战斗甫一打响，由于缺乏警戒，孙元良惊慌失措之中率先逃跑。部队群龙无首，尚未组织起有效的抵抗，已经纷纷作鸟兽散，致使战略要地失守，南昌门户洞开。事后，孙元良团被程潜派驻奉新，向东警戒，掩护主力部队集结，但孙却拒不执行命令，一闻敌讯，便继续西撤。
蒋介石气急败坏，马上赶到奉新前线，立即召集第一师训话，声色俱厉，杀气腾腾：“这次打仗，第一团团长孙元良没有得到命令便退却，应照革命军的连坐法来枪毙。这次失败，是我们革命军最不荣誉的一件事，也是北伐史上最耻辱的一页，倘使第一师不退下来的时候，我们的战事，一定不会失败;所以孙团长没有命令擅自退了下来，一定要按法枪毙。我们第一师，从前是最光荣最有名誉的军队，现在被孙团长个人毁坏，难道我们还能容忍这种败类，不枪毙他吗？”
第二天清晨，蒋介石又召集朱培德之第六军及孙元良团再次训话，重申了对孙元良的惩罚决定：“我们革命军的历史，是很光荣很名誉的。现在打下了南昌，又退回来，都是因为第一师第一团团长孙元良，没有命令，怕死退下来了，所以有这一次的失败。孙团长犯我们革命军的连坐法，我要把他枪毙。你们各位官长士兵，可晓得军法是不容情的，若是犯了连坐法，无论哪一个，都要依法枪毙的。”
自从“中山舰事件”后，共产党员被迫退出第一军，结果本是精锐的第一军思想迅速下滑、军纪败坏，战斗力大不如前。蒋介石痛定思痛，颁布了严酷的《革命军连坐法》，整顿军纪。孙元良正好撞到枪口上，大家都以为他死定了。很快，孙元良消失了。不料，1928年，孙元良突然重新出现在大家面前，气宇轩昂，面有得色。他不仅躲过此劫，而且还去日本陆军士官学校镀了一层金。归国后，即任国民政府警卫第一旅炮兵团团长。到了1931年，已升任警卫第一师第一旅旅长。
原来，在薛岳、刘峙等人的劝说下，怒气平息后的蒋介石考虑到黄埔一期生本来人数就有限，历次战斗中战死者、共产党拉去者甚众。如今在军中能挑大梁的人已是寥若晨星，弥足珍贵。于是，他法外施恩，网开一面，孙元良因祸得福。
1932年淞沪战役发生后，时任国民党军队第八师二五九旅少将旅长的孙元良率军坚守上海宝山庙行镇十一天，和友军一起夹击日军，让日军受到空前挫败。当时国际舆论评价此役为“国民党军第一次击败日军的战役”，孙元良因此役擢升为第八十八师师长。
1937年7月7日，抗日战争全面爆发。8月，日军在上海虹口、杨树浦一带集结重兵，妄图“三个月灭亡中国”。8月11日，京沪警备司令张治中率第八十七师、第八十八师到上海杨树浦及虹口以北布防。8月13日，日本海军陆战队首先由虹口向天通庵车站至横浜路段开枪挑衅，并派出一支部队向宝山路、八字桥、天通庵路进攻，被孙元良率领的第八十八师击退。此后，孙元良率领八十八师官兵在上海闸北一带坚守阵地长达一个半月之久，粉碎了日军“三月亡华”的图谋。
为了掩护国民党主力部队转移，孙元良又下令八十八师五二四团第一营的四百多名官兵，固守四行仓库阵地，并亲手将“死守上海最后阵地”的命令交给谢晋元团长，然后自己撤退。面对八十八倍之众的日军，四行仓库官兵奋勇抵抗，最后全部退入租界，被解除武装，关进集中营。但是通过新闻媒体的广泛报道，全国士气为之振奋，世界为之关注。这就是历史上有名的“八百壮士”。而撤退了的孙元良却因“八百壮士”之功再被升为国民革命军第七十二军军长，仍兼任八十八师师长。
