侯君集在谋反之前，就已经被李世民选入凌烟阁二十四功臣内。同年，侯君集因卷入太子李承乾谋反一事，最后被下令处死。不过李世民看在侯君集开国有功，也是策划玄武门之变的大臣之一，所以便没有将他的功名给剔除，可见李世民还是比较看重侯君集的。实际上，侯君集会谋反，正是担心玄武门之变会再次重演，所以便劝李承乾提早夺位，不过李世民并不是李渊啊。
1、凌烟阁功臣
贞观十七年二月，唐太宗李世民下诏，将长孙无忌、李孝恭、程咬金、秦琼等二十四位功臣的画像奉于凌烟阁之中。可是这年四月，朝中爆发了一件轰动天下的大事，让李世民非常伤心，自此之后李世民再也不上凌烟阁了。
原因和排名凌烟阁第十七位的功臣侯君集有关!据记载，侯君集是陕西旬邑人，祖父侯植担任过北周的平州刺史，也算是出身官宦之家了。由于侯君集后来身败名裂，所以史书对他多有贬损之语，说他非常狡猾，不会弓箭却说自己武艺高强。但是这些记载并不可靠，因为能够得到了李世民重用的人，绝对不是平凡之辈。
侯君集很早就为李世民效力了，靠着战功，先后担任左虞侯、车骑将军00。论勇武，侯君集可能不如秦琼、程咬金等人，但若论智谋，他应该非常出色，是一位能力独当一面的大将。侯君集是李世民的心腹之一，“参预谋议”，他多次劝说李世民率先发动政变。在玄武门之变的过程中，侯君集的功劳很大，“建成、元吉之诛也，君集之策居多”。
李世民称帝后，直接加封侯君集为潞国公，食邑千户。李世民对侯君集的赏赐远远多于秦琼、程咬金等人，他的官位也得到了提升，并在贞观四年“迁兵部尚书，参议朝政”，成为唐朝的宰相之一。之后，侯君集作为副将，跟随李靖征讨吐谷浑，表现十分出色，“频与虏遇，皆大克获”。
2、谋反处死
贞观十一年，侯君集改封陈国公，并在第二年升任光禄大夫、吏部尚书。侯君集“出为将领，入参朝政”，获得了很大的声誉。贞观十三年，侯君集再度奉命出师，经过长途跋涉，一举灭掉了西域的高昌国。可是由于侯君集擅自“配没无罪人，又私取宝物”，结果遭到了文官的弹劾，非但没有获得赏赐，反而差点获罪。
侯君集对此非常不满，在与另一位功臣张亮交谈时出言不逊，甚至说出“郁郁不可活，公能反乎?当与公反耳”的话来。李世民知道这些事后，既没有安慰，也没有处罚侯君集，导致侯君集在错误的道路上越走越远。当时，太子李承乾的地位岌岌可危，于是他与侯君集勾结到了一起，他们甚至打算再来一次玄武门之变。
贞观十七年四月初一，太子李承乾被人举报，李世民命长孙无忌、房玄龄等人调查此事，结果发现侯君集也牵涉其中。李世民与侯君集的关系很好，他不愿侯君集受辱，于是亲自审问此案。李世民并不想杀死侯君集，于是他说道：“君集有功，欲乞其生，可乎?”但遭到了群臣的反对，李世民哭着与侯君集诀别。
李世民悲伤的地说道：“吾为卿不复上凌烟阁矣!”侯君集也跪在地上痛哭流涕。侯君集被杀前，对监刑将军说：“君集岂反者乎，蹉跌至此!然尝为将，破灭二国，颇有微功。为言于陛下，乞令一子以守祭祀。”李世民闻讯后，赦免了侯君集的妻子和一个孩子，将他们流放到了岭南。李世民对侯君集非常了解，他知道侯君集并不想造反，只是一时气愤而已。
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