壬寅宫变后，嘉靖皇帝开始逐渐怠慢政事，并且十几年不上朝，不过朝中大权依然牢牢握在嘉靖手中。其实嘉靖皇帝是一位玩弄帝王之术的高手，朝中无论是能臣还是奸臣都在他的掌控之中。看似他长期被严嵩父子耍的团团转，实际上他也知道严嵩背地里的那些勾当，嘉靖帝的处事之道不是常人能猜透的。但嘉靖帝绝对是个聪明人，只是在一些事件后他突然迷失了自我，导致长时间没办法从阴影中走出来。也间接造成了明朝的衰落。
嘉靖帝从成为皇帝的那一刻起，就开始利用自己对权术的天才理解，玩弄无数人于股掌之间。
公元1521 年，明武宗正德皇帝朱厚照突然死亡，并且没有留下继承皇位的太子。太后和大臣们几经斟酌，决定由最近支的皇室、明武宗的堂弟———兴献王世子朱厚熜(音cong，读“囱”)继承皇位。朱厚熜的父亲(兴献王朱祐杬)就藩于湖广安陆州(今湖北钟祥)，与明武宗朱厚照的父亲(明孝宗朱祐樘)是亲兄弟。
是时，朱厚熜年方十五。北京使团到安陆后的第6 天，朱厚熜踏上北去路程。跟北京使团只用12 天就赶到安陆不同，朱厚熜花了近20天，才走完相同的路程。尽管前后已有一个多月国家无主，举国翘首企盼新君早日莅临，但年方十五的朱厚熜显得相当沉稳，他知道，此时不宜表现出任何急切的心情。
朱厚熜到京后，暂驻城外，静候朝廷出具有关他继位的礼仪细节。当有关安排呈上时，朱厚熜怫然不悦：由首辅杨廷和会同礼部商议的方案，是朱厚熜将以“皇太子”身份继位为君。这意味着，在登基之前，朱厚熜须先完成成为皇太子的仪式，然后再择日加冕为皇帝。
15 岁的少年以一种与其年龄不相称的政治敏感，立刻表示拒绝。他说：遗诏说得很清楚，我将直接即位为君，丝毫不曾提及需要先立为皇太子之事。朱厚熜斩钉截铁地将继位方案退回礼部，命其重拟。对此，当朝首辅杨廷和出乎意料，率群臣以上疏的方式，敦促朱厚熜接受和履行礼部所拟程序。朱厚熜再次加以断然拒绝，双方僵持不下。
国家无君一月有余，新君明明已迎奉来京。却迟不即位。这种局面拖不得，拖下去，人心浮动，乱由隙起，不知会发生什么事。朱厚熜吃准了这一点。无形中，他以国家为质，来逼迫对方满足自己的条件。
最终，双方达成妥协：新君直接入宫;在派遣官员为代表告于太庙和社稷坛的同时，新君本人前往武宗灵前谒见，然后叩拜张太后;做完这两件事，就直趋奉天殿(即今太和殿，民间俗谓“金銮殿”)。此仪式从实质上省却了取得皇太子身份的环节，而直接临朝称制。
在握嘉靖帝上朝不久，就发动了一个“大礼议”的政治运动，把朝廷上下官员全部牵扯进去了。
当时，嘉靖帝下令群臣议定明武宗的谥号及生父的主祀及封号。以内阁首辅杨廷和为首的朝中大臣援引史上先例，认为嘉靖既然是由小宗入继大宗，就应该尊奉正统，要以明孝宗朱祐樘(注：嘉靖帝的伯父)为皇考，而将兴献王朱祐杬(注：嘉靖帝的父亲)改称“皇叔考兴献大王”，母妃蒋氏为“皇叔母兴国大妃”，祭祀时对其亲生父母自称“侄皇帝”。
对嘉靖帝而言，这绝对是不可接受的，双方产生僵持。公元1524 年，200 多个官员一起向嘉靖帝抗议，强迫他不许认自己亲爹，嘉靖大发脾气，这些官员被罚廷杖，结果16 个人被当场打死，134 人被关押起来。
当时，新科进士张璁上疏支持世宗，认为朱厚熜即位是继承皇统，而非继承皇嗣，即所谓“继统不继嗣”，皇统不一定非得父子相继。张璁建议朱厚熜仍以生父为考，在北京别立兴献王庙。朱厚熜见此奏章后大喜。
嘉靖皇帝与杨廷和为首的文官集团进行的长达5 年的“大礼议”之争，最后以君权的高压结束。反对“大礼议”的内阁首辅杨廷和最终被罢官。经过“大礼议”之争，朱厚熜已经羽翼丰满，他体会到了如何行使皇权的无上威严，此后变得独断独行。
嘉靖皇帝在政权稳固之后，日渐腐化，大肆兴建土木、迷信方士、又好长生不老之术。在过去的历史上，以及明朝本身，都不乏因为荒嬉或沉溺于私趣而“不理朝政”的皇帝，朱厚熜的行径，乍看跟他们很像，他在统治晚期埋首求道，藏在西内(今冲南海一带)基本不露面，许多臣子甚至20年不曾睹“天颜”一次。
如果就此以为，朱厚熜是一个“不理朝政”的皇帝，则大错特错矣。据《世宗实录》记载，嘉靖帝“晚年留意于玄道，筑斋宫于西内”，但“虽深居渊穆而威柄不移”。
什么叫威柄不移?用今天的话讲，就是印把子嘉靖皇帝始终攥得牢牢的，根本不曾松手。他虽然深居简出，但对一切都保持高度警惕，从来对外面发生的事放心不下，也没有什么能够逃过他的耳朵;不仅如此，他虽然不公开露面，却不曾放弃对文件的批阅，重大决策都由他本人亲自作出，经常召见少数重臣听取他们的工作汇报。
这里有一个佐证。当时有人在徐阶(注：嘉靖年间最后一任内阁首辅)家中，亲眼见过嘉靖的手谕和所批阅过的奏章。徐阶代拟的所有旨意，嘉靖不仅亲自审阅，而且一一作过改动，由此可见其认真至极。然而，这不只是认真而已，更主要的，是作为权力归属的标志，作为对大臣的无声的警示和提醒：我是皇帝，权柄在我。这就叫“威柄不移”。
说起来，明朝太祖朱元璋、明成祖朱棣，对权柄都抓得很牢，但那是宵旰忧劳、起早贪黑换来的，而嘉靖皇帝躲在幕后，足不出户，照旧一切尽在掌握中。其权谋之深由此可见一斑。
嘉靖作为高明的权术家，他参透了一个本质性的问题：权力稳固与否，与是否勤政爱民根本无关，关键在于控制力：控制力强，哪怕躲到九霄宫静养，照样操纵一切;控制力弱，就算废寝忘食、没日没夜扑在工作上，该不济还是不济。什么是控制力?简而言之，就是如何用人驭人。
多年来的实践却证明，嘉靖是个控制力奇强的厚黑天才。他先是把张璁等特调来京，打倒首辅杨廷和，却不急于重用他们，仍让自己所衔恨的蒋冕等掌管内阁。此后，宁肯招来已退休的先朝老臣杨一清接替首辅，也不用在“大礼议”中立下大功的张璁等人。这便是欲扬先抑，特意地冷一冷张璁等的心，好教他们不敢得意忘形。
直到嘉靖六年(公元1527 年)十月，张璁才首次入阁，又过一年多，命桂萼入阁。但仅隔六个月，嘉靖就找了个由头，忽然责令张璁归乡省改，命桂萼致仕(交还官职退休的意思)。张璁离京不久，九月，马上又接到宣召他重新入阁的旨意;十一月，桂萼也同样被召再次入阁。此后，单单张璁就被这样又重复折腾过两次，末了，嘉靖十四年四月，终于让他彻底退休，不再折腾。
前后算起来，从嘉靖六年到十四年，张璁总共“三起四落”。嘉靖驭人手段之厉害，可见一斑。他明显是刻意的，以猫戏鼠的手法，擒而复纵，纵而复擒，“故阁臣无不惴惴惧者”。
张璁之后，夏言成为第一红人，备受信用，但嘉靖对其再施猫戏鼠之故伎，使之“两起两落”，终于在嘉靖二十七年(公元1548 年)先罢官，再逮其下狱，斩首。因夏言被打倒而崛起的严嵩，老奸巨猾，赔着小心媚事嘉靖十几年，炬赫一时，最后也被解职、抄家、儿子被处决，自己则死于孤独和贫困。
