明朝初年，都城就定在江苏省南京市，后来才搬至北京，但南京依然是明朝的陪都。等清军入关后，废除了南京都城的地位，把江苏、上海、安徽等地合并为江南省。直到康熙六年，江南省又被分为江苏、安徽二省，江苏省的名字是根据江宁和苏州这两座府城取的，简称“苏”。江南省在清朝初期赋税占全国三分之一，科举榜上提名者，占据半数，曾是全国最发达的省份。
清朝的地方行政管理格局并不复杂：数省或一省置总督，下辖每省置巡抚、布政使各一名。凡事总有例外，别的省一般只有一个布政使，江苏省却有两个布政使。在清朝的江苏地图上，标注着两个省会：江宁(南京)、苏州。
为什么会有如此奇怪的划分?这说来就话长了。
明朝时，江苏和安徽合称为南直隶，清朝定鼎，顺治二年，1645年，担心经济实力强的南直隶反清，设江南省。江南省地域过大，设一个巡抚不够用，所以设了三个。面积最大的是凤阳巡抚，管着江南省的长江以北诸府。江宁巡抚管现在的苏南五府，既江宁、镇江、常州、苏州、松江(上海)，江宁巡抚驻在苏州，俗称苏州巡抚。另外还有一个安庐巡抚，驻地在安庆，管辖现在的皖南地区。
顺治十八年，1661年，江南省划分为两个布政使司：江南右布政使司(江苏)、江南左布政使司(安徽)，是驻苏州的江宁巡抚朱国治提出来的。江宁巡抚治下没有布政使，巡抚直接管辖五府不太方便。朱国治就请朝廷让江南右布政使司驻地迁到苏州，朝廷同意了。
那么，江宁如此重要的地方，怎么能没有布政使呢?有啊，江南左布政使司驻地就留在江宁，虽然左布政使管的是安徽地面。
康熙五年，1666年，经过区划调整，原只管苏南五府的江宁巡抚，地盘已包括现在的江苏省。凤阳巡抚和安庐巡抚也合二为一，成为安徽巡抚治下地盘。然后就是更名，江南右布政使司更名江苏，取江宁府、苏州府首字;江南左布政使司更名安徽，取安庆府、徽州府首字。
安徽省已经出现，却没有省会，清朝决定让安徽省会继续留在江宁(南京)。换句话，安徽布政使门在江宁，只是“暂住”……
江苏(巡抚)布政使衙门驻地依然放在苏州，为什么不搬回江宁呢?暂时觉得不需要。因为两江总督衙门就驻在江宁，总督可以处理一些事务。江苏(巡抚)布政使总要回江宁向总督汇报工作，再说苏州距离江宁非常近，来回方便。
不过，安徽省会“暂住”在外省的江宁，那就不是很方便了。比如说安徽省内有事，安徽(巡抚)布政使要跨省去处理。另外还有一个原因，安徽布政使虽说和两江总督同驻江宁，但总督一旦外出，安徽布政使没有权限代理总督的职能。万一城中有事，安徽布政使想管管不了，江苏布政使想管又相对太远的，处境非常尴尬。
乾隆看到这个弊端，乾隆二十五年，公元1760年，下令让安徽布政使衙门迁到安庆。
江苏这么一个经济大省，作为省会的江宁不能没有布政使。很好办，把驻在苏州的江苏(巡抚)布政使衙门搬回江宁就是了。不行!
江南五府是朝廷的钱粮赋税重地，朝廷有钱花没钱花，主要就看江南五府每年给朝廷缴多少。所以，江南五府是不能缺少布政使管理的。那么，驻苏州的江苏布政使不能搬迁，那就只好在江宁另设一个布政使了。
江宁布政使正式设立。
安徽布政使管理现在的安徽省(多了今属江西的婺源，少了时属江苏的萧县、砀山)。但在江苏省区域内，却存在着两个布政使，他们如何划分管辖范围?这个也好办。江苏布政使，虽然名义上顶着“江苏”二字，但他能管的，只有江南四府一州(太仓州)，江宁府不再隶属江苏布政使。
江苏省内，除了江南四府一州外，剩下的四府二州一厅都归驻地在江宁的江宁布政使管辖。四府二州，就是江宁府、扬州府、淮安府、徐州府、海州、通州，一厅是海门厅。江宁布政使管辖的四府二州一厅，事实上也是两江总督可以直辖的区域。
也就是说：在清朝乾隆以后，江苏省实际上有两个省会——南京(江宁)、苏州。这造成一种什么情况呢?苏州事实上是苏南比较认同的省会，而江北几个府州则认同江宁为自己的省城。直到现在，这种情况也或多或少的存在，这都是历史原因造成的。
