羊水穿刺是一项有创性检查，因此也会存在一些风险。但几率一般都很小的。还有的准妈妈会有这样的疑惑：羊水穿刺检查疼吗？
1、血液传染：有一定的几率使准妈妈和胎儿的血液接触，当发生接触时，如果准妈妈的的血液为Rh阴性，并且胎儿的血液为Rh阳性时，会出现危险。
2、感染：如果准妈妈存在感染，那么羊水穿刺过程中可能把细菌带入羊膜囊内，感染能够引起高热、子宫收缩和或腹部疼痛等问题，但是这种情况非常罕见。
3、破水：发生率1%，会在几天内自行愈合。
4、羊膜腔炎：发生率0.1%，会引起下腹痛、发烧等症状，极容易早产。
5、阴道出血：发生率1%-2%，几天内会自行好转。
6、胎儿刺伤：在超音波的引导下绝少发生，偶尔胎儿会突然动一下，医生多能立即避开，如果不慎刺伤也不会有太大影响，会自行愈合。
7、呼吸窘迫：有少数研究发现，接受过羊水穿刺的胎儿，在出生后较易有呼吸窘迫的问题，发生率为1.1%，未接受过羊水穿刺的胎儿则为0.5%。
羊水穿刺一般不会太疼，但也因人而异，有些准妈妈对疼痛比较敏感，或者比较紧张，可能就会觉得有疼痛感。
羊水穿刺过程不需要麻醉，因为注射麻醉药的疼痛可能会比羊水穿刺本身还要强烈。多数准妈妈在刚刚刺入时只会感觉轻微疼痛，类似于刺手指取血的痛感，是可以承受的痛感。不必担心会对胎儿造成伤害，在这个过程中，医生会在B超监控下小心避开胎儿。
由于不使用麻药，有些准妈妈在羊水穿刺时可能会感觉到腹部有点儿紧，或是有刺痛或压迫感，有些准妈妈可能会感觉不到任何不适，是否感觉到疼痛需视乎个人情况而定。
