孕妇用药对宝宝的损害会有多大，除了药物的成分外，还与用药时怀孕的周数有着密切的关系。
受孕后两周内，受精卵还在输卵管或者宫腔中，尚未与母体组织直接接触，所以药物对胚胎的影响不大；如果药物对囊胚的毒性极强，会杀死胚胎，造成自然流产。此时，药物的影响可用“全或无”来形容――所谓全，表现为胚胎早期死亡导致流产；无则表现为胚胎继续发育，不出现异常。
例如，一位孕妇，最后一次月经的第一天是3月1日，她平时每30天来一次月经，排卵期就应该是3月17日左右，如果在此后两周内吃了药，一般来说对胚胎没有影响，如果有影响就会发生自然流产，孕妇若有阴道出血等先兆流产的征兆，很可能是因为胚胎质量欠佳，此时就不要保胎了。
怀孕5周―13周，胎儿各器官处于高度分化、迅速发育和形成阶段，任何部位的细胞受到细胞毒性影响，均可能造成畸形，所以这一阶段胎儿对药物的敏感性极高，也叫做“组织器官高敏期”，此时用药应特别慎重。
在怀孕前13周内，最好不用C、D、X级的药物，如果孕妇出现紧急情况必须用药时，应在医生的指导下，尽量选用A、B级药物。
怀孕13周以后，胚胎绝大多数器官已经形成，胎儿对药物的敏感性降低，不过，此时大脑和泌尿生殖系统仍在继续分化，仍会对药物较为敏感。而神经系统在整个妊娠期间持续分化发育，所以药物对神经系统的影响会一直存在，此时用药仍需谨慎。
