婴儿肠绞痛是婴儿生命中一个最难以解释的现象之一，是一种神秘的、非常常见的生长发育中的问题，至今没有发现确切的发病原因，也没有人知道为什么有些宝宝会比其他宝宝肠绞痛得厉害，虽然还没有研究者对引起婴儿肠绞痛的原因作出明确且肯定的回答，但大致可能出自下面几个原因：
1、控制肠壁蠕动的神经发育不成熟
3~4个月以内的小宝宝，肠壁的神经发育不成熟，容易造成肠道蠕动不规则，部分肠道蠕动较快，部分蠕动较慢，纠结一起而导致痉挛疼痛。
2、腹部胀气
宝宝消化道里用于分解食物的消化酶或消化液还很少，消化母乳或者配方奶里的蛋白质时，可能会造成肚子胀气疼痛。宝宝在哭闹过程中也会吞下过多空气，这也能造成胀气。
3、不良情绪的传染
妈妈的焦虑和烦躁情绪也会传染给宝宝，有些专家认为，婴儿一阵一阵长时间的哭闹是一种发泄，因为他们正在发育的神经系统还不能很好地处理周围环境中的各种刺激因素。到了晚上，有些婴儿就是因为不能再接受周围环境中的视觉图像、声音和感觉，需要通过哭这种方式来释放，这会使婴儿大量吞气，从而导致肠绞痛。
4、敏感的中枢神经系统
当婴儿在母亲的子宫内时并没有接触到光线和声音，出生后，当有机会接触到他们周围的各种形式的光线和声音，他们的神经系统还无法处理。当过后长时间接触到不同的声音和他们周围的陌生视线时，光线和视觉就像兴奋剂，可以使婴儿的神经绷紧，使他们哭，释放紧张，敏感的神经系统是多见于早产儿，难产儿。
