1、饮食改变和辅食刺激引起的
婴幼儿期为肠蠕动节律处于较大变化时期，易发生肠蠕动紊乱，且外界引起肠套叠的因素较多，如增添辅食或食物性质、环境、气温的改变，肠管本身疾病如肠炎等诱发肠蠕动紊乱而引起肠套叠。
2、局部解剖因素引起的
婴幼儿回盲部较游动，回盲瓣呈唇样凸入盲肠，当回肠蠕动发生异常时，即可牵拉肠壁形成套叠。
3、病毒感染或其他原因引起的
引起回盲部集合淋巴结肿大因素：小儿腺病毒或轮状病毒感染后，可引起末端回肠集合淋巴结增生，局部肠壁增厚，甚至形成肿物向肠腔突起构成套叠起点，加之肠道受病毒感染或其他原因刺激，蠕动增强，导致发病。
4、免疫反应不平衡因素引起的
原发性肠套叠多发生于1岁以内，是机体免疫功能不完善时期，肠壁局部免疫功能易破坏，蠕动紊乱而诱发肠套叠。继发性肠套叠多因肠壁或肠腔内器质性病变，如肠息肉、肿瘤、肠壁血肿、梅克尔憩室、肠囊肿翻入肠腔，牵带肠壁作为起点而引起肠套叠，发病率约占2%～5%。
肠套叠分两类原因各不同
肠套叠分原发性肠套叠及继发性肠套叠两类，小儿肠套叠几乎全为原发性，约占 95％以上。
病因尚不清楚，可能与下列因素有关：
（1）饮食改变：生后4～10个月，为添加辅食及增加乳量的时期，也是肠套叠发病高峰期。由于婴儿肠道不能立即适应所改变食物的刺激，导致肠道功能紊乱，引起肠套叠。
（2）回盲部解剖因素：婴儿期回盲部游动性大，回盲瓣过度肥厚，小肠系膜相对较长，婴儿90%回肠瓣呈唇样凸入盲肠，长达1厘米以上，加上该区淋巴组织丰富，受炎症或食物刺激后易引起充血、水肿、肥厚，肠蠕动易将回盲瓣向前推移，并牵拉肠管形成套叠。
（3）病毒感染：系列研究报道急性肠套叠与肠道内腺病毒、轮状病毒感染有关。
（4）肠痉挛及自主神经失调：由于各种食物、炎症、腹泻、细菌毒素等刺激肠道产生痉挛，使肠蠕动功能节律紊乱或逆蠕动而引起肠套叠。
（5）遗传因素：有些肠套叠患者有家族发病史。
（6）先天性肠管畸形和其他器质性疾病：如梅克尔憩室、先天性肠重复畸形等都会成为急性肠套叠的诱因。
多见于年长儿及成人，其发生原因常与肠道存在气质型病变而引起的继发性套叠，肠管器质病变常见有肠息肉、憩室、重复畸形、紫癜血肿、肿瘤及结核等。
