无论是哲学思维还是科学思维，在本质上都属于人类的认识，都是人与自然界的相互作用，它们是没有什么本质区别的。
如果为了理解思维的本质与特点，根据认识的不同方式将思维划分为不同的类型，那么哲学思维是自上而下的思维，其更多的是考虑整体的自洽性；而科学思维则是自下而上的思维，其更为重视基本的物质构成为何物。
比如，东方人的思维就是一种典型的哲学思维，强调整体的自洽。佛教的“空”和道教的“道”以及中国的元气说，都是从整体来认识世界，认为世界的本质是有机统一性，是无形的。
反之，西方人的思维则是典型的科学思维，重视物质的基本构成。古希腊时期的原子论、以太假说、夸克理论和弦论等，都是科学思维的典型事例。其基本思想都是认为世界是由基本的结构单元组成的，宏观物质的性质是由基本粒子的性质决定的。
如果从逻辑的角度来分析的话，哲学思维比较符合演绎法，需要首先提出自洽的公理和假说；而科学思维则主要是运用归纳法，找出具有共性的抽象概念和规律。
