京东创始人刘强东曾说：一个公司所有的失败，归根结底都是人的失败。正所谓“得人者得天下”，但是铁打的营盘流水的兵，在如今大鳄争食的时代，企业的人才流动频繁。为了激励和留住核心人才，老板们想了不少的办法，其中股权激励是很多企业所推行的。
目前万科、美的、华为、伊利等等大中型企业都在实行股权激励机制。“股权激励”是对员工进行长期激励的一种方法，它是在市场经济下企业为实现其整体利益的现实选择。
在阿米巴经营模式中，如果某阿米巴提高了“单位时间附加价值”，不会因此获得相应的高额薪水或奖金，取而代之的是得到伙伴们的赞赏和感谢，得到精神上的荣誉。
但在中国企业实行阿米巴经营，在正确的经营哲学和良好的企业文化建立之前，仅仅靠“赞赏”和“感谢”来回馈成绩优异的阿米巴小组，这恐怕还是不够的，员工的积极性不可能持续。
在不同的激励方式中，工资主要根据阿米巴员工的资历条件和公司情况、目标业绩预先确定，在一定时期内相对稳定，与公司的目标业绩的关系非常密切。奖金一般以超目标业绩的考核来确定员工该部分的收入，因此与公司的短期业绩表现关系密切，但与公司的长期价值关系不明显，员工有可能为了短期的财务指标而牺牲阿米巴的长期利益。但是从股东投资角度来说，他们更多关心的是公司和阿米巴长期价值的增加。
为了使员工关心公司、阿米巴利益，需要使员工和公司或阿米巴的利益追求尽可能趋于一致。对此，股权激励是一个较好的解决方案。通过使员工在一定时期内持有股权，享受股权的增值收益，并在一定程度上以一定方式承担风险，可以使员工在经营过程中更多地关心公司的长期价值。股权激励对防止员工的短期行为，引导其长期行为具有较好的激励和约束作用。
当然，在实施上述阿米巴与股权激励的过程中，必须导入阿米巴经营哲学，先统一大家的思想，再统一大家的利益，当老板和员工的利益一致，员工就会和老板一样关注公司的发展，和老板一起创造未来并享有未来，共同承担风险。
如果只谈经营模式不谈经营哲学，就会失去基本方向；如果只谈经营哲学和实学不谈分配，就会失去利益与共的基础，就会失去激情。因此，在中国目前的企业经营环境下，阿米巴经营与股权激励应该互为体用，不可或缺。
股权激励员工的核心是用明天的财富激励今天的员工，用社会的财富激励自己的员工。在阿米巴经营模式下，可以让阿米巴的成员，先持有本巴的股份，不要一开始就拿公司的股份。
对此，柏明顿首席顾问胡八一博士在《阿米巴团队激励》一书中提及，在一家公司里，如果你是某个塑料车间阿米巴的成员，那你就拿塑料车间阿米巴的股份。如果你是组装阿米巴的人员，你就拿组装巴阿米巴的股份。那么如果激光电子阿米巴、塑胶阿米巴、组装阿米巴，这三个阿米巴形成一个制造车间阿米巴，那么你就拿这个部分的股权就可以了。如果一家公司的广东地区营销负责人，那你就拿广东地区这个区域阿米巴的股权就可以了。
本巴股份在必要时折算成公司股份。股权已经给阿米巴成员了，如果公司准备上市，要么就把员工的股权抹掉，要么把阿米巴的股份转为公司的股份。每个阿米巴的股权通过它的资产折算一下，最后形成公司的股份。也就说，在以前的阿米巴单元，一个员工占了20%的股份，但折算成公司的股份之后，可能只有0.1%的股份。
同时，在股权激励的操作上，胡博士也总结出了“9D模型”，即定目的、定对象、定模式、定数量、定价格、定时间、定来源、定条件、定机制。结合不同类型、不同发展阶段的企业特点和需求独创的股权激励设计和实施控制模型。针对不同企业现状与发展前景，提供“量身定制”的股权激励方案与保证实施效果的应对策略。
股权激励是非常重要的一种长期激励手段，但是若采取了不合适的方法，也会带来无尽的烦恼。阿米巴在实施股权激励时，应该明确实行激励计划的目的，透彻分析阿米巴内外部的情况，从而选择最佳的激励方式。
