海德堡大学创办于1386年，是德国最古老的大学，也是世界上最古老的大学之一。
海德堡大学，全称为海德堡鲁普雷希特—卡尔大学(der Ruprecht-Karls-Universitaet Heidelberg)，创建于1386年10月18日，是德意志神圣罗马帝国继布拉格大学和维也纳大学之后开设的第3所大学。最初由大公鲁普莱希特一世依教皇伍朋六世特许筹建，以为分裂的普法尔茨营造一思想中心，吸纳外邦人才，服务于教会及国家。而早期的教授均来自宗教分裂与民族战争频仍地区，寻求平和于海德堡。14世纪彼得教堂成为大学教堂。历任大公均对大学倾注心力，然当其虑及必要时，亦得随意插手大学自主自治之事务。由此也为诸如人文主义等思潮的到来创造了历史条件。
海德堡大学曾两次在欧洲文明史上绽放异彩；16世纪下半叶，作为加尔文教重镇，，伴随加尔文教学说的广为传播，海德堡大学得到超越国界的认可，由此奠定了其国际化的基石。1557 年, 普法尔茨选帝候欧特亨利(1556-1559 年在位)邀请马丁·路德的学生梅兰希通(Philipp Melanchton)用人文主义和新教教义改革海德堡大学, 使海德堡大学成为真正的新教大学。在课堂上，古典语言、世界史、自然科学理论和古典人文学科得以开设，陈腐的经院哲学被清新的人文主义所取代。在此期间，学校里建造了馆藏世界著名文献的帕拉提那图书馆并见证了它的衰落，海德堡大学对当时欧洲政治和精神生活产生过重要影响。19世纪，海德堡大学被誉为德意志的思想之都和重要的科学中心。
海德堡大学也曾几次险遭灭顶之灾:“三十年战争” (1618—1648) 中, 三十年战争使海德堡大学受到重创，教学几经中断。1622年举世闻名的帕勒提那图书馆移往罗马。战后大学重建工作中，在17世纪末的普法尔茨争夺王位继承权的战争期间 (1688—1697)特别是1693年路易十四的军队对海德堡的全面毁坏而陷于停滞，海德堡大学连同其城市一起被法国占领军放火烧成了一片瓦砾，海德堡大学因此又关闭多年。
18世纪的海德堡正如几乎所有其它大学那样弥漫着知识上的中庸主义。一直延续的新教主义色彩因迟来的改革而逐渐丧失。财政上的困境与18世纪末不断的革命战争使海德堡大学再次陷入困境。
1802年海德堡划入巴登州，翻开了大学历史新的一页。巴登州第一位大公卡尔·弗里德里希再造了海德堡大学，当然这位大公也成为海德堡大学纪念的两位人物，学校的全名也就成了——鲁普莱希特-卡尔斯-海德堡大学，一个是大学的开创者鲁普莱希特一世，一个是大学的再造者卡尔·弗里德里希。
1848 年至帝国建立期间, 海德堡大学被公认为是德意志自由主义的堡垒和小德意志统一方案的代言人。虽然当时大部分海德堡大学教授是政治保守派或中立派, 但包括霍伊泽尔、米特迈尔、莫尔等在内的几个学术重量级人物却是自由主义和小德意志主义的积极倡导者。1848 年法兰克福国民议会中有4 位海德堡大学教授;有8 名教授出席了法兰克福国民议会筹备会议。海德堡大学的自然科学在罗伯特·本森,古斯塔夫·基希霍夫及赫曼·冯·赫姆霍茨等人的共同努力下闪耀着眩目光辉的19世纪，同时也是海德堡以法学闻名于世的时代。魏玛共和国时期, 海德堡大学继续发扬自由主义传统, 成为共和国的“民主堡垒”。在“高校教师忠于宪法的魏玛集团”中, 海德堡大学的人数仅次于柏林大学。雅斯贝尔斯、拉德布鲁赫、迪贝利乌斯、韦伯等著名教都是共和国的热情支持者和积极参与者, 其中刑法教授、社会民主党人拉德布鲁赫在1926 年还担任了魏玛共和国的司法部长。与1848 年革命时期只有数人参与政治不同，魏玛时期海德堡大学的多数教授都表示了对共和国的同情与支持。据称,全校60 名教授中有三分之一站在共和国一边；尤其是法学院，由于该院绝大多数教授支持共和国，被称为“海德堡民主主义教授核心”。为此, 德国著名学者贡多尔夫在美国人捐款修建的学校新教学大楼上题词“生命精神”，以颂扬海德堡大学这种民主与自由的精神。
如果说19 世纪以前的海德堡大学是以人文主义传统著称的话, 那么, 自19 世纪以来, 人文主义与科学主义的结合在海德堡大学得到了完美的体现。19 世纪中叶以来,海德堡大学成为现代科学的策源地之一。海德堡大学化学教授邦森于1855 年发明邦森煤气灯(又译本生灯, 通称煤气灯,多用于化学实验),建立了德国第一个化学研究所;物理学教授基希霍夫和邦森一道于1859 年发现了光谱分析,并发现铯(Cs)和铷(Rb)两种化学元素;生理学教授赫尔姆霍尔茨由于发明了眼底镜(A ugenspieg el)而家喻户晓,尽管那并不是赫尔姆霍尔茨最高的科学成就。在医学领域, 西蒙(Gustav Simon )成功地进行了人类历史上第一例肾脏切除手术;切尔尼(VinzenzCzerny)于1906年捐款建立癌症研究所,该研究所是今天著名德国癌症研究中心的前身;埃尔布(Wilhelm Erb)发现膝腱反射作用。
作为德国19世纪最好的法学院,在著名法学家在蒂鲍特的主持下,法学院编写了颇具影响的德意志民法典。哲学家黑格尔在去柏林大学之前曾在海德堡大学任教2年,期间写出了著名的《哲学全书》。日尔曼语文学家贡多尔夫、社会学家马克斯·韦伯、哲学家雅斯贝尔斯以及后来的H·G·达默尔(Hans Geo rgGadame r)等人的学术活动给海德堡大学带来了巨大的学术声望。19 世纪末20 世纪初的海德堡,被人们喻为“德国秘密的精神之都”。20世纪海德堡大学的自然科学界同样星光灿烂, 在1905 年至1991 年间, 海德堡大学有8 位诺贝尔奖获得者。
进入二十世纪的海德堡大学成为开放的自由主义大学，著名社会学家, 曾为海德堡大学教授的马克斯· 韦伯于1919 年发表了两篇著名的演讲———“以学术为业”和“以政治为业”，（今天国内出版为《学术与政治》）对学者与政治家的操守作了极为个性化的回答，这无疑代表了当时海德堡大学的人文精神与科学精神，雅斯贝尔斯在海德堡大学执教 23年，他用一一“作为精神生活方式的海德堡”来概述这里的学术特征。
海德堡大学的精神生活方式表现为以某位在学术上有较大影响力的学者为中心 ，由不同学科背景的人组 成的多个“学术圈” 。学者之间、师生之间，为真理而思 索，为正义而辩护，颇有古希腊时期的遗风 。其中，影响最大的是上文提及的以社会学家马克斯·韦伯为中心的“韦伯圈”和以浪漫派诗人格奥尔格为核心的“格奥尔格 圈”。正如雅斯贝尔斯所言，“如果 所大学里有许许 多多这样的小团休，并且彼此之间互相联系，那么，这所大学就达到了精神生活的颠峰”。正因为如此，这里曾被人们誉为“德 国秘密的精神之都”。
都说海德堡大学的历史是一部德国思想发展史。正如德国前总统魏茨泽克1986 在海德堡大学600 周年庆典讲话中总结的，海德堡大学经历了中世纪后期的“神圣精神”(heiliger Gei st)，德国古典主义与浪漫主义影响下的“生命精神”(lebendiger Geist),以及20 世纪灾难性的12 年中使德国人声名狼藉的
“德意志精神”(deut scher Geist)。“神圣精神” 以神为中心，“德意志精神”以狭隘民族主义为中心，只有“生命精神”以人为中心。“生命精神”以人的经验为观察世界的出发点，相信人的潜力与价值, 强调教育与个人自由对于人的意义。在漫长的发展过程中, 虽然“神圣精神”和“德意志精神”在海德堡大学历史上曾留下印记，但真正融入海德堡大学发展并形成传统的是弘扬人性的“生命精神”。
德国纳粹执政时期，海德堡大学陷入政治旋涡, 由“自由主义堡垒”沦为民族社会主义大学的领头羊；1945年美国占领海德堡时，大学再一次被关闭。然而，海德堡大学就像一只灰烬中再生的不死鸟, 在经历了宗教动乱、军事灾难、经济萧条以及政治暴政之后，依然站立在世界先进大学的行列。
大学是历史的产物。海德堡大学在其历史发展中, 形成了独具魅力的学术传统。
截至2015年，有56位诺贝尔奖获得者曾在海德堡大学学习，任教或从事工作，其中11位教授在海德堡大学任教期间获得诺贝尔奖。截至2013年，海德堡大学获诺奖获奖人数位居德国第一，欧洲第四，世界第13。此外，该校有18位莱布尼茨奖（世界上奖金额度最高的科学奖项）及2位奥斯卡奖获得者。
现今海德堡大学下发展为12个学院，超过100个学门，分为大学部、研究所与博士后研究。
神学院
法学院
经济学与社会科学院
哲学院
语文学院
行为科学与实验文化科学院
数学学院
物理学与天文学学院
化学与地理科学院
生物科学院
医学院海德堡校总部与大学附设医院
医学院曼海姆分部及其附设医院
2018-2019学年，海德堡大学共有学生29202人，员工总数13712人，其中研究人员5910人，W3级别教授458人。海德堡大学2017财年总共7.4亿欧元。在2006年以及2012年的德国两轮卓业计划之中，具体是：2007年10月19日，德国第二轮“精英大学”评选最终揭晓，海德堡大学成为德国九所精英大学之一。
2012年6月15日，德国第三轮（2012-2017）“精英大学”评选最终揭晓，海德堡大学蝉联德国新十一所精英大学之一。海德堡大学都成功入选，也证明了其实力处于德国大学前几名的水平。
在世界大学排名中，QS排名系统中，2018年海德堡大学排名68名，2019年排名64名。在THE的排名中，海德堡大学在2017-2018排名45名，位列德国第三，仅次于慕尼黑大学和慕尼黑工业大学。2018ARWU排名系统中位列47名，居于德国第一，其次才是慕尼黑工业大学。总体处于世界排名40-70名之间。
海德堡大学的汉学
海德堡大学的汉学系非常有名，始建于1962年冬季。海德堡大学汉学系的首位主任教授是鲍吾刚。他于1971年完成的、也为他赢得了广泛声誉的《中国人的幸福观》。1966年鲍吾刚返回他获得博士学位的慕尼黑大学任教，继任者为德博，德博教授以中国古典诗歌和《道德经》的翻译而知名，他于1986年退休。鲁道夫·瓦格纳（Rudolf G. Wagner）成为第三任主任教授，这也是海德堡大学最有名的一位汉学家，1993年凭借汉学研究获得了欧洲的莱布尼茨奖。20世纪90年代，海德堡大学汉学系已经拥有设置三位教授席位的资格，成为德国汉学研究的顶尖机构。（德国大学的教授教席是固定的，一般是一个学校的一个学科领域就一个教席，要想获得教授教席，要么开创新的研究方向和学科，要么等到现任的教席在任教授退休）
