巧用小工具，深挖TCGA数据库。
TCGA对于研究肿瘤的同学来说是个大宝藏，基于TCGA数据产生的生物信息学文章也是不计其数，上可发表在CNS这类顶级期刊上，下可灌水发表在一两分的SCI期刊。
相关数据的分析工具在酸谈的公众号里介绍过GEPIA、TCIA、StarBase、TIMER。今天再来给大家介绍一个研究TCGA的DNA甲基化与表达数据的工具——MEXPRESS，网址：https://mexpress.be/
DNA甲基化一般发生在CpG位点，经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶，在人类基因中， 大约80%-90%的CpG位点已被甲基化；而DNA的甲基化与转录活性成反比，也会影响基因组的稳定性。癌基因的DNA甲基化水平降低或者抑癌基因的DNA甲基化水平增高都可能会导致肿瘤的发生。
工具的使用只需输入基因名+选择要研究的肿瘤即可，就这么简单粗暴！
以TP53在乳腺癌中的情况为例进行分析，先看各因素（包括组织类型、肿瘤亚型、分子分型、甲基化）与表达的关系：可以看到有3个位置的甲基化与表达呈显著负相关（用的是Pearson检验），而其他如her2 status等等临床因素与基因表达之间没有显著的关系。
然后我们看看其他因素（不同的肿瘤统计分析了不同的因素）。以“her2 status”为例，her2阳性的患者容易转移复发，预后生存较差，点击“her2 status”（三角箭头指着谁，就分析包括表达、甲基化在内的其他所有因素与该因素之间的关系）。
可以发现结果展示发生了变化：数据根据her2 status进行了重排，然后根据不同的her2 status进行了统计检验，发现有一些其他临床因素与her2 status存在相关性，也有一些甲基化位点的甲基化水平在不同的her2 status中存在差异。
因为相比于基因编码区的甲基化，启动子区的甲基化对基因表达活性的影响更大。点击highlight promoter probes会高亮启动子区的探针结果，大家可以自行点击看一下颜色变化。
然后点击探针号时，会显示该探针对应的位置和性质，当我们在工具上发现一个位置的甲基化与某个因素显著相关时，通过了解该位置的特征和信息可以帮助我们设计下一步的研究。
关于网站的使用，就介绍到这里了，总结一下，这个在线工具可以用来探索、挖掘样本因素（分子分型、样本类型等等）、基因甲基化、基因表达之间的关系，大家可以根据自己的研究目的来在线工具上寻找一些潜在的机制。祝大家文章顺利发表。
