Windows2000系列和WinXP专业版及Windows2003的用户都可使用内建的文件加密功能，但前提是准备加密的文件与文件夹所在的磁盘必须采用NTFS文件系统。同时要注意，由于加密解密功能在启动时还不能够起作用，因此系统文件或在系统目录中的"文件是不能被加密的，如果操作系统安装目录中的文件被加密了，系统就无法启动。另外，NTFS文件系统还提供一种压缩后用户可以和没压缩前一样方便访问文件与文件夹的文件压缩功能，但该功能不能与文件加密功能同时使用，使用ZIP、RAR等其他压缩软件压缩的文件不在此限。
加密时，只需使用鼠标右键单击要加密的文件或者文件夹，然后选择“属性”，在“属性”对话框的“常规”选项卡上单击“高级”按钮，在“高级属性”对话框上选中“加密内容以保护数据”复选框并确认即可对文件进行加密，如果加密的是文件夹，系统将进一步弹出“确认属性更改”对话框要求您确认是加密选中的文件夹，还是加密选中的文件夹、子文件夹以及其中的文件。而解密的步骤与加密相反，您只需在“高级属性”对话框中清除“加密内容以保护数据”复选框上的选中标记即可，而在解密文件夹时将同样弹出“确认属性更改”对话框要求您确认解密操作应用的范围。
