存在两种观点：一种观点认为不能抵，一种观点认为可以抵。
一、认为不能抵的依据是：
1.《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）第十四条、第十五条、第二十二条规定，纳税人销售自行开发的房地产项目，无论适用哪种计税方法，均应按照《营业税改征增值税试点实施办法》第四十五条规定的纳税义务发生时间，以对应的方式计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。18号公告明确告知了房地产项目预缴税款可以参与抵减的时间——项目纳税义务发生之后。在纳税义务发生之前，该项目对应的预缴税款是处于待抵减状态的，只有当项目的纳税义务发生了，项目对应的预缴税款才能够抵减。
2.《全面推开营改增业务操作指引》（国家税务总局全面推开营改增督促落实领导小组办公室编）一书对于“房地产开发企业销售自行开发的房地产项目”的增值税政策的解读：“房地产开发企业采取预收款方式销售所开发的房地产项目，在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税，待纳税义务发生时，再计算应纳税款，并可扣除已预缴的增值税税款”（该书第227页）。
3.河南省国税局就指出,房地产开发企业收到预收款时应根据《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第18号)规定,按照3%的预征率计算预缴增值税。待纳税义务发生时,应按取得的全部价款和价外费用,依据其适用的计税方法计算申报应纳增值税,已预缴的增值税可以按规定抵减。
4.虽然增值税是以整个纳税人为纳税主体进行税款抵扣、应纳税额计算的，但房地产开发企业的预缴增值税属于不具备增值税纳税义务发生时间的预缴税款，其抵减也是有其特殊性的。目前在国税总局层面没有明确的说法，但可以会计处理的规定中找到，《增值税会计处理规定》（财会〔2016〕22号）中关于预缴增值税的账务处理规定，月末，企业应将“预交增值税”明细科目余额转入“未交增值税”明细科目，借记“应交税费——未交增值税”科目，贷记“应交税费——预交增值税”科目。这是针对一般企业的处理。但对于房地产开发企业等在预缴增值税后，应直至纳税义务发生时方可从“应交税费——预交增值税”科目结转至“应交税费——未交增值税”科目。也就是说,22号文并不允许房地产开发企业预缴的增值税马上在当月应纳税额中予以抵减,而必须等到纳税义务实际发生才可以抵减预缴增值税。
5.房地产开发企业保留预售时预缴增值税这一特殊政策的意义，是为了保证房地产开发企业在项目开发期的税款均衡入库，避免了时间上的错位。如果说预缴增值税可以从房地产企业当期应交增值税中抵减，那么预缴增值税就失去了应有意义。大家可以想象下，只有在当期预缴税款大于当期应缴税时，才真实预缴的部分税款，预缴政策才有一点实际作用。如果当期预缴税款小于当期应缴税时，预缴的税款实际是应缴税款的一部分，预缴政策还有作用吗？
总结：未达到纳税义务发生时间的A项目的预缴税款不可以抵减B项目产生的应纳税额，等到A项目达到纳税义务发生进行纳税申报时，才可以抵减A项目的预缴税款。当然，这时如果B项目的预缴税款有未抵减完的税款是可以用来抵减A项目的，当然，也可以抵减其他业务产生的应纳税额。也就是说，未达到纳税义务发生时间的预缴税款不能抵减已达到纳税义务的应纳税款，达到纳税义务后，所有预缴税款都可以相互抵减，没有限制。
二、认为能抵的依据是：
1.增值税是以整个纳税人为纳税主体进行税款抵扣、应纳税额计算的，既然是减除预缴税额就应当允许全部减除，如果按项目减除，那么同一企业的进项税额是不是也应按不同项目抵扣？
2.国家税务总局公告2016年第18号中规定的，纳税义务发生后，计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后，向主管国税机关申报纳税。并没有明确是抵减该项目的预缴税款，那么抵减全公司的预缴税款也是没在问题的。
3.河北省国家税务局就认为,提供建筑服务和房地产开发的预缴税款可以抵减应纳税款。应纳税款包括简易计税方法和一般计税方法形成的应纳税款。
例如:某房地产开发企业有A、B、C三个项目,其中A项目适用简易计税方法,B、C项目适用一般计税方法。2017年7月,三个项目分别收到不含税销售价款1亿元,分别预缴增值税300万元,共预缴增值税900万元。2017年8月,B项目达到了纳税义务发生时间,当月计算出应纳税额为1000万元,此时抵减全部预缴增值税后,应当补缴增值税100万元。房地产开发企业应当在《增值税申报表》主表第19行"应纳税额"栏次,填报1000万元,第24行"应纳税额合计"填报1000万元,第28行"分次预缴税额"填报900万元,第34行"本期应补(退)税额"填报100万元。
按照河北省国税局的这个解答,A项目和C项目虽然没有达到纳税义务发生时间,但是其预缴的增值税也可以用于抵减B项目已经达到纳税义务发生时间情况下计算出来的应交增值税款。换句话说,河北省国税局认为在增值税政策中并不要求A项目和C项目在达到纳税义务发生时间后才可以抵减其预缴的税款。
4.湖北省的规定是可以抵减当期或以后期的应缴的增值税。湖北省营改增问题集（发布日期：2017-12-29）42.房地产开发企业预收款的范围以及对预收款按3%预缴增值税是否能用来抵缴当期增值税应纳税额？
房地产开发企业的预收款，为不动产交付业主之前所收到的款项，但不含签订房地产销售合同之前所收取的诚意金、认筹金和订金等。
房地产开发企业收到的预收款按3%预缴增值税后，如纳税申报的所属期为预收款的当期或者以后期的，其预缴税款可用来抵缴纳税申报应缴纳增值税。
总结：抵减预缴税款不受纳税义务发生时间的限制，当期预缴的税款可以抵减当期及以后各期的应纳增值税税款。
当然，站在纳税人的角度，当期预缴的增值税不可以从当期应交增值税中抵减，是加重了纳税人的税负，所以从减负降税的角度上，还是希望国税总局能明确房地产开发企业预缴增值税能够抵减当期及以后期应纳增值税。
