关于泉州文庙的历史，该文庙文保处的黄子红所撰《海滨邹鲁，千年文庙》一文所写颇为详尽，该文称泉州文庙“占地约8255平方米，为东南地区规模最大的文庙建筑群”。对于其建筑风格及文保级别，此文中称：“是宋代中原文化和闽南古建筑艺术的有机结合，建筑风格在全国现存孔庙中罕见。现为全国重点文物保护单位。”
根据《泉州府志》的记载，此文庙始建于唐开元末年，当时请宰相张九龄题写了“鲁司寇庙”的匾额。五代时期，又改名为宣圣庙，但当时该庙只是祭祀孔子的场所，并未建造学宫，而此庙的地址处在泉州衙城之右。
北宋太平兴国初年，郡守乔维岳将宣圣庙迁到了崇阳门外的三教辅，此地即为现在的泉州文庙所在位置。然在大中祥符二年，郡守高惠连将文庙迁到了育才坊。100年后，即大观三年，郡人柯述向郡守建议将文庙迁回三教辅，自此之后，该文庙一直处在现在的位置上。泉州文庙文保处所编的《泉州府文庙碑文录》的编辑说明中有如下简述：
泉州府文庙初称“鲁司寇庙”，在衙城右(今泉州六中一带)，创建于盛唐，五季改称“宣圣庙”。北宋太平兴国三年（978年）迁今址，大中祥符二年（1009年）徙育材坊(今庄府巷泉州酒店一带)，一百年后于大观三年(1109年）还复旧地，至今已有1270余年。
大成门
宋绍兴七年，泉州文庙建成了左学右庙的格局，《文庙碑文录》所作《泉州府文庙修建大事记》中写道：“知州刘子羽主持重建左学右庙，利用没收甘泉庵财产，命僧人释惠胜等鸠工市木；具体工程委托州学教授戴纬、提举市舶司监舶务张瑾负责。增旧基高二尺余，庙之中为先师殿，殿前为东、西廊庑。学之中前为明伦堂，后为议道堂。明伦堂前东西为正己、上达等十二斋。先师殿、明伦堂之南各有方池。学池前为藏书阁，廨宇庖廪一应齐全。又赎回庚门（今泮宫门楼一带）旧地，辟门西向。门内凿长河，浚青草池，疏通巽流（俗称八卦沟），架设石桥，以纳潮汐。是年闰十月动工，明年三月竣工。里人、主管江州太平观张读为记。”
关于此文庙在元、明、清三代的情况，黄子红于文中写道：
元代以来，历任地方官员继续修葺扩建。元大德三年(1300)修明伦堂，十年修大成乐。至治元年(1321)筑杏坛于棂星门南。至正间(1341—1368)造大成乐，铸礼器，筑石桥于方池。明洪武八年(1375)重修明伦、议道两堂及两庑斋舍等。二十三年重建杏坛于庙南，三十一年殿圮，知府重修。
永乐初(1403)葺两庑，重建棂星门。永乐、正统间(1403—1449），曾振、王浚、陈祚等先后修明伦堂，建会馔堂、米廪、宰牲所，辟射圃等。天顺、成化间(1457—1487）“以学门西向非宜，增建庙门南向”，洋宫门仍予保留。又建护学祠、会讲堂、祭器库、府学号房50间。嘉靖三年(1524)改建议道堂为教授厅，建训导廨。购庙前址为总门，迁河沟南面民房辟路；六年“作二桥跨河（濠沟），设庙门学门于河外“。三十五年建尊经阁；四十年改泮池为圆，如古泮宫之制；四十五年于明伦堂前建育英门。
清代顺治、康熙、雍正间(1644—1735)均有修葺。乾隆二十六年(1761)全面修葺，并将大成门内外皆易以石，作“金声玉振”两门石匾，移建崇圣祠于殿东，重建尊经阁。至此，府学规模最为宏敞，其范围东至百源川池，西至中山中路，南临涂门街，北达打锡巷。其总体由孔庙和府学两大建筑构成，并附以乡贤名宦诸祠。
大成殿
对于这段叙述，《文庙碑文录》一书中有不少的碑文能予以佐证，比如元代大德十一年刊刻的《加封大成至圣文宣王诏》碑，该文以皇帝的口吻写道：“盖闻先孔子而圣者，非孔子无以明；后孔子而圣者，非孔子无以法。所谓祖述尧、舜，宪章文、武，仪范百王，师表万世者也。”
可见当时的皇帝对孔子的教化之功是何等之推崇，该文中是这样形容孔子的价值：“大哉先圣！世莫得名，非孟子金声玉振之言，后世何以尽尊称之美？非韩子日月江海之誉，后世何以极形容之妙？”
繁复的彩绘
严禁击打
然在此后的岁月中，泉州文庙因为自然环境的原因，遭到过多次毁坏，而当地的官员都努力将其恢复起来，以此显现对于儒学教化的重视。比如明初立于泉州府学的《重建泉州府学杏坛记》碑中写道：“泉为滨海大郡。郡学庙之南，有杏坛焉，岁久颓圮，夷为隙地，章荒没垣端，封洽之功莫继，迄今有年矣。洪武庚午春，御史缙云钟道元按事至泉，首谒学宫，士子指以相告。道元披草芜，经陟遗址，顾瞻左右。”
看来在元末时，泉州孔庙内建有杏坛，但因缺乏维修而倒塌。洪武二十三年，御史钟道元来到泉州，他首先去视察学宫，由此而看到荒草中的杏坛遗址，面对此况，钟道元感慨说：“今夫浮屠、老子之宫，棲神之宇，金碧辉映，游息之居，潭潭秩秩，岁益月增，修葺相继，日懼不足，矧肯废其旧贯乎？且郡学，圣人清庙所在，士子来游来歌，谈道德礼乐于斯，以陶吾民，匪浮屠外就燕益于天典民彜者可拟其万一，而弗遑修葺有若是者，何哉？今虽未遑改作，宜仍其旧而新之，然后为无废前功。”
四配
看来在明初，泉州地区建造有数量不少的佛寺和道观，钟道元看到那些建筑建造得金壁辉煌，并且历代都有整修，这让他更加感慨杏坛之废，于是他：“乃抽私帑以资营度，陶大甓、伐大木，构亭以覆坛上。”
钟道元自掏腰包恢复了杏坛，可见他是一位愿为文化作出贡献的好官，而在他之前，同样有能像他这样为文庙作出贡献的官员。元末周大初所撰《重建泉州府学记》中讲到：“岁己卯秋八月，飓风大作，发屋拔木，震惊百里，而大成殿洎尊经阁皆为所仆。”
此处所提到的己卯，应该是元至元五年，这年八月，泉州刮起了台风，将大成殿、尊经阁等全刮倒了，郡守胡公器带领众官员来视察灾情，转天他就准备修复损坏的文庙，但手下人告诉他文庙损坏得太过严重，重新恢复恐怕要花大笔的银两。
胡公器说他也知道这种情况，但他觉得恢复文庙乃是职责所在，于是：“遂咸抽俸币，以资经始，悉召诸耆寿以告之。于是，郡人黄胜生、王得渊首任伐材运甓之费，宋曾宣靖公亮之裔孙孟熙董其役，泉郡、永事二帅府，若阴威童侯真、张侯勋、沈侯瑾、邱侯遇、洪侯远、幕宾张宏、抚军徐智、翟荣，与大郡之士庶知澧义者，咸输己资以佐，方外之士亦皆向化而乐助焉。”
胡公器捐出自己的俸禄作为文庙修复资金，他的带头作用使得当地很多人捐钱捐物，终于使得文庙恢复了起来。
到明代中期，泉州又刮起了台风，文庙再次被毁，蔡清在其所撰《重修府学记》中写道：“弘治癸丑岁七月三日，泉境内大风，拔木发屋，城垣仆者且七八，所在如败荷，或曰：‘飓’也。府学旧贯号壮固，值是亦多所摧毁。翼日，太守李侯与贰守罗侯首诣学，环视之曰：‘凡境内风所摧，皆吾责也，而此其在所先矣。’即规画工货所出，以命医学训科薛仁董共事。凡建大成殿下两庑十有五间，明伦堂下两序十有三间，戟门外傍门二座。两庑、两序间数元不止此，此惟于共摧甚者更之。势使联合于其旧贯，可仍者仍之，其摧而未甚者修之而已。”
明弘治六年，巨大的台风把泉州城的城墙都刮到了七八成，文庙建造得虽然坚固但也有些毁坏，转天李太守和罗太守就来到了府学视察，李太守明确地说凡是泉州境内被摧毁的房屋，他都有责任恢复起来，但对于文庙的恢复要放在首位，于是他立即组织人将文庙所毁之处恢复了原状。
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