根据发病原因分为病原性病害和生理性病害两种。病源性病害是由霉菌引起的病害也称霉菌性病害。由环境因素引发的病害称为生理性病害。
烧菌（闷堆）
（1）症状
培养料发热、发酸、菌丝死亡。发菌初期和刺孔增氧期间容易发生。
（2）病因
香菇菌丝的呼吸过程消耗氧气并释放热量，在菌棒高密度堆叠和通风不畅的条件下，积累了释放的热量，料温升高，温度的升高又促进代谢加速，从而进入一个恶性循环过程，刺孔增氧加速了这个循环过程。当料温升到33℃以上，氧气供不应求时，菌种块表面或内部原有的弱势菌类一酵母菌在厌氧状态下，上升为优势菌类，培养料很快发酵并酸化，香菇菌丝加速死亡。
（3）预防
及时散堆，疏排菌棒，分批刺孔，加强通风。
菌棒黄水
（1）症状 菌瘤不能正常干缩成菌皮，而是溶解成棕黄色的酱水，黄汁流溢之处由表向内腐烂，最后受害部位各种杂菌混发。
（2）病因 菌瘤内菌丝在高温或机械损伤等不良环境条件下，自溶成酱液。黄汁的湿度和营养物质有利于青霉或细菌的繁殖为害，引发传染性病害。
（3）预防 ①选用抗逆性强的品种，如v26、v29。②菌棒应堆放在阴凉、通风之处。③刺孔增氧气温掌握在20～25℃，轻拿、轻刺、轻放，避免刺伤菌瘤。④用注射器抽去黄汁，减少筒袋内湿度。⑤为害严重者，应剥除筒袋，剔除腐殖质，将菌棒在0.05%的扑霉灵溶液中浸泡1 min（分钟），沥干后重新套袋，重新刺孔。
