病虫害是影响香菇产量和质量的一大因素，防治病虫害是香菇栽培的重要内容。病虫害防治以防为主，防治结合，主要是防。必须使用化学药物防治病虫害要选择国家允许的农药，严格按照国家规定的安全用药标准施用。
幼蕾死菇
幼蕾对外界适应性差，如果管理上失控，就会发生菇蕾萎死。防止幼蕾死亡的措施主要做好："五控制、五防止"。
（1）控制温度，防止冻死 秋栽香菇进入冬季，多遇寒流。当气温降至5°C以下，并持续几天时就会把幼蕾冻死，表现菇蕾发软。冬季幼蕾发生后，要注意天气预报，以防冻死幼蕾，遇5°C以下天气时，采取火道加温。
（2）控制温度，防止干死 冬季气候干燥，一般空气相对湿度在40%左右。这样的环境条件幼蕾易干死。干死的幼蕾变"硬钉"。防止幼蕾干死，可向菇棚内地面洒水或将水蒸气通入菇棚来提高空气相对湿度。
（3）控制通风，防止菇死 幼蕾期不能让风直接吹幼蕾，以免菇体表面水分蒸发过快，造成菇体失水时间过长、过多而枯死。在幼蕾生长期盖好棚膜，需要通风时可在无风天气，短时间揭膜通风，并及时覆膜保湿。
（4）控制气害，防止毒死 冬季棚内升温，其燃烧的气体，易造成幼蕾二氧化碳、二氧化硫和一氧化碳中毒而死。菇棚内加温时，要采取火道通过烟囱，把废烟排出菇棚内；棚内要定期通风，排出有害气体。
（5）控制温标，防止烤死 催花时加温过高，往往会将整批幼菇全部烤死。菇蕾生长的最高温度为20°C，催花时温度不宜升得太高，且时间要短。同时加强通风排湿。
幼蕾发生死亡的五种现象，有些是互相联系的。因此，在管理中要调控好温、光、湿、气等环境因素，使幼蕾健壮生长。
香菇采收后期菇肉薄、盖小柄长现象
香菇出菇时间长，前期由于菌块内养分充足，气温较低，子实体生长缓慢，菇体盖大、肉厚、柄短，质地密实；而后期由于菌块养分消耗较多，加之气温高，子实体生长速度快，菇体盖小、肉薄、柄长、质地疏松，其商品价值和出菇量都显著降低。实践证明，采用降低菌块含水量和环境湿度的方法，使子实体在较为不利的环境中生长成熟，可以使后期香菇质量得到改善。具体做法：
（1）缩短补水浸泡时间，使菌块含水量在70％左右（比常规减少10％），捞出来稍沥干后再进行覆膜管理。
（2）在菇蕾大量产生，菇盖直径达1.5厘米左右时，揭去薄膜使其在自然湿度环境中生长发育，阴雨天不喷水，晴天每天下午5～6时喷一次重水，菇长至七八分成熟时采摘。究其原因，主要是由于菌块在含水量较低，高温低湿的环境中，子实体内养分输送减缓，子实体现蕾至采收时间延长，有利于养分在子实体内积累，长成的菇质量较好。
