番荔枝以种子繁殖为主。一般在秋季选择年年丰产又不易裂果的树株，采摘果大、形正、质优且成熟的果实，取出种子洗净，晾干，即可播种。
番荔枝的育苗一般也以实生播种繁殖为主，近年来也在试验无性繁殖的方法，如靠接、压条、盾形芽接等。嫁接法常用的砧木有共砧、牛心番荔枝、刺番荔枝等。目前我国番荔枝的主产区，如广西、福建、云南、台湾等地仍用实生播种法育苗。
(一)选种 留种母本树的选择原则是：选取生长健壮，无病虫害的植株；留种所用之果必须完全成熟；种果的果个要大、果形要正、品质优良；瘤状突起扁平；母株首次开花结的果；丰产、稳产且不裂果。
(二)果实处理及种子贮存 果实采收后，放在室内后熟3～5天，然后取种洗净、充分晒干，除去小粒种子和不饱满的种子，干燥后贮存，如此可保存数年，否则，即使放到来年春天也会失去发芽能力。
(三)播种 广东大部分地区适宜的播种时间在雨水至清明之间；广州南最好秋季播种，秋季采种后晒干及早播种，能使得大苗顺利过冬。由于番荔枝种子外皮光滑，角质化，不易吸水。因此播种前最好晒种或锉擦种脐、种皮，使种胚附近的外皮破裂，而使种胚容易吸水而发芽。
培育番荔枝的苗圃要选择排、灌水良好的砂质壤土，因番荔枝苗期易感染立枯病而死亡。播种前将土壤深耕晒透，施腐熟的有机肥，每公顷加入石灰225～750千克。然后整地播种。苗圃地朝南，以减轻冬季低温对番荔枝苗的危害。
(四)苗期管理 播种后用禾秆覆盖，每天适当喷水，但注意不可太湿；在正常情况下，约20天左右便可发芽出土，40天长出真叶。当大部分种子长出真叶后，要分期分批将禾秆间疏去除，以免压坏幼苗。苗高约5厘米时，可喷布波尔多液(1：1：100)防立枯病。11月以后要搭棚盖苗防霜，因番荔枝幼苗不耐低温危害。棚子要早晨揭晚上盖，到第二年春分后即可拆棚，进行移苗分床。如果加强管理，一年后苗高可达60厘米以上，就可以出圃了。
