黑骨茶和小叶紫檀属于两种植物，而它们主要的区别在于枝干不同、叶片不同、味道不同、纹理不同，小叶紫檀的树干为灰褐色，叶片为椭圆形，香味很浓，纹理清晰明显，而黑骨茶的树干为黑褐色，叶片为鸡心形，味道很淡。
1、枝干不同
黑骨茶
黑骨茶与小叶紫檀是两种不同的植物，它们本质有很大差别，一般黑骨茶与小叶紫檀区别在于枝干的不同，黑骨茶属于灌木类植物，树皮和根部都为黑褐色，木质坚硬，而小叶紫檀属于乔木类植物，树皮为灰褐色，树干表面粗糙。
2、叶片不同
小叶紫檀的叶片主要为椭圆形或者圆形居多，叶尖不明显或者有凹陷的部分，在幼苗的时候颜色很淡，之后植株成型后为深绿色，而黑骨茶的叶片为鸡心形，叶色为浓绿色，在幼苗时期会出现嫩红色，这也是它们最大的区别。
3、味道不同
小叶紫檀属于比较珍贵的名木，主要的是它能散发出一种清淡的檀香味，若是将木质部削开香味更浓，闻起来比较清新自然，而黑骨茶的香味很淡，如果不仔细闻的话是闻不出来的，这也是它们最为明显的区别之一。
4、纹理不同
黑骨茶
在市场上出现的黑骨茶和小叶紫檀比较类似，其实它们还有就是树干上纹理的不同，一般小叶紫檀的纹理交错，颜色和质感都是比较明显的，摸起来比较舒服，而黑骨茶树干上的纹理不明显，摸起来会比较粗糙。
