株形差别，檀香紫檀树皮为深褐色，小叶紫檀树皮为深裂的长方形薄片；叶子不同，檀香紫檀大概为3-5片，叶片备毛且为椭圆形，小叶紫檀只有3-5片，长度为9-15cm；花果不同，檀香紫檀为黄色条纹，果实为圆形，小叶紫檀花色为黄色，果实为卵形；鉴别方法，木屑放入清水中，有蓝色荧光现象的为檀香紫檀。
1、株形差别
檀香紫檀蜘蛛大约高25m，胸径大概为60cm，树干笔直，分枝较少，树皮为深褐色，而小叶紫檀属乔木，树干同样笔直，树皮为深裂的长方形薄片，树叶为深红色。
2、叶子不同
檀香紫檀的小叶大概有3-5片，少数品种为6-7片，形状为椭圆型或卵状，前端微凸，基部圆润，下方备有细毛，而小叶紫檀叶片一般只有3-5片，长度为9-15cm。
3、花果区别
檀香紫檀的花色为黄色或或带有黄色条纹，果实大多为圆形，直径在3-5cm。果期在4-5月，而小叶紫檀花色多为黄色，果实为卵形，花期和檀香紫檀一样。
4、鉴别方法
小叶紫檀，新鲜时为鲜红色，采摘之后颜色渐渐变为深色，和檀香紫檀相比，紫色中有花纹，鉴别时可将木屑放入含有清水的玻璃杯中，若上层出现蓝色机油般的荧光现象，则是檀香紫檀
