阿米巴运行对接界定，关键在于界定阿米巴组织之间的责任，界定阿米巴组织与其他部门的对接事项，落实推进阿米巴的责任到个人、日期等。
阿米巴经营的组织划分，需要企业根据自身产品的品种或生产流程来明确划分各级阿米巴，各个阿米巴独自经营，采用独立核算制。这样看似将企业由一个整体分成多个小部分，似乎更难统一管理。其实阿米巴经营不是单纯的划分组织，背后更是有一套运作规则。
这一套运作规则取胜的秘诀在于，界定阿米巴之间的责任。各个阿米巴要把责任具体化，明确到个人和日期，这样每个人都很清晰自己的职责，出现问题的时候也难以推卸责任。另外企业管理层也要明确的界定各个阿米巴之间的对接事项，这样在一定程度上能够解决各个阿米巴之间不够配合的问题。
界定阿米巴之间的对接事项。一件事情可能几个部门都可以去做，比如车间员工之间发生斗殴事件时，应该交由人事部处理还是生产部处理，这件事情两个部门都可以完成，所以需要事先界定好：当车间员工发生斗殴事件时，由生产部处理，人事部提供协助、配合调查等。诸如此类的细小问题，在划分阿米巴之前，应该细细罗列，并制定相应的对策，分工到位，做好对接，那么阿米巴在运行过程中就能避免很多因权责模糊而产生的纠纷。
例如，在一家生产制造型企业，这个部门可能会和哪些部门打交道，基本上往往差不多每个部门都会打交道，如果是这样的话就很省事，我们把公司组织架构图打开，梳理哪个部门跟自己的部门发生关联。
因为阿米巴不是独立对外法人，只需要阿米巴经营会计报表。因为有些公共的费用分摊，所以阿米巴领导人希望财务部门每个月10日之前，能够把阿米巴负责的公共费用分摊数据给到他的手里。而阿米巴经营会计报表也需要在每个月15日出来。任何一个阿米巴组织，既可能为别人提供的产品或有偿服务，也可能得到别人提供的产品或有偿服务。
