阿米巴经营模式需要一个分权、分责、分利的组织结构，通过市场内部交易实现组织市场化，培养自主经营能力，让阿米巴领导人随时掌握本阿米巴单元的盈亏状态。内部市场化交易是阿米巴经营模式中的一个重要环节。
一、企业如何构建内部市场
内部交易是阿米巴经营模式中的一个重要环节，通过内部交易，使企业内部上下道工序之间以价格为纽带，以服务和产品进行等价交换，统一结算交易。通过内部交易行为，可以掌握各个阿米巴单元的盈亏状态。
内部交易同市场交易一样，将产品卖给下一道工序，上下工序之间讨价还价，最终达成内部交易。比如，采购的商品要卖向生产部门，生产部门的产品要卖给销售部门，销售部的产品要卖向客户，其中的过程就是内部交易。
以一个原料调配部门为例，该部门为一个独立阿米巴组织，自主经营、独立核算，如同一个独立运作的小企业。它可以向内部供应商低价购进原料，再将调配好的原料提供给内部客户。一旦实行交易钱货两清，就算是实现了销售。
二、阿米巴如何传导市场压力
两个阿米巴之间进行交易就像两个小企业之间的经营一样，上一个阿米巴生产的产品卖给下一个阿米巴，通过内部交易进行独立核算。如果外部营销接到的订单价格下降了，这个价格会直接传到内部市场，营销传到生产，生产传到原料，再传到采购都要求降价。因为双方之间都有买有卖，大家都需要对自己的利润负责，所以一层一层传下去，市场压力就传到了企业内部。
同时，企业实施内部市场化管理，可以将生产经营过程中产生的费用收益计算到自己的组织中，将单纯的行政管理变成阿米巴的经费管理，即员工的薪资收入应大于价格的结算收入减去总支出，否则自己的阿米巴就亏损了！也就是说，阿米巴组织里的支出经费多，收入就会变少，支出的经费少，收入就会变多。这就需要各个阿米巴努力节省各项开支。
除此以外，通过内部市场化管理，能够将企业内部的资源进行合理流动，比如人才流动。每个经营组织需要根据成本最小和利润最大的原则进行劳动组织优化，组织生产量小、人员多是不行的，需要自行下岗分流，需要去人员少生产量大的组织上岗，这就实现了人才流动。
三、内部市场和外部市场有效对接
内部市场和外部市场有效对接，才是搞好内部市场的本质。在导入阿米巴经营模式的过程中，企业着重解决“为什么导入阿米巴”和应该“如何借助阿米巴创造高收益”的问题，将外部市场的这种压力传递到每一个员工，调动员工岗位创造价值的积极性。同时，制定各专业管理办法，发挥制度约束人和激励人的作用，保障内部市场有序运行，实现利润和成本双管控。
实行内部交易需要注意，即在内部交易开展之前，需要形成“敬天爱人”的经营哲学，管理者需要具有“利他之心”，不能为了本阿米巴的利益而与其他阿米巴产生严重的利益冲突。导入阿米巴经营模式，目的就是达到企业的整体利益最大化。
