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人体从清醒到慢慢睡着，心跳会变慢、体温下降、呼吸变缓慢和肌肉跟着放松，在这转换过程中，是由脑干的网状启动系统控制，当网状启动系统数据出错，进而产生的小小副作用就会导致这种情况。
入睡抽动是全身肌肉在快睡着时，不自主抽动，同时可能伴随“自由落体”或“触电”的感觉，也有些人会从模糊的梦境中突然惊醒。目前有两个理论可以解释：“脑干的网状启动系统”数据出错，或是“大脑应激反应模式”造成的。
“脑干的网状启动系统”数据出错是指人体从清醒到慢慢睡着，心跳会变慢、体温下降、呼吸变缓慢和肌肉跟着放松，在这转换过程中，是由脑干的网状启动系统（RAS）控制，因此入睡抽动可能是网状启动系统数据出错，进而产生的小小副作用。
而“大脑应激反应模式”解释则较有趣，该理论认为人脑是由爬行动物的大脑慢慢演化而来，因此人脑仍保留一部分爬行动物的应激反应模式，因此当肌肉彻底放松，大脑会以为在自由坠落。
出于保护身体，大脑便会指挥全身肌肉马上行动，试图想从下坠的过程中抓住东西，导致原本放松的肌肉突然缩紧，出现入睡抽动。
当肌肉疲劳或缺乏睡眠，抽搐情况会更加严重，一旦发生入睡抽动，很多人就会醒了，但其实只是在入睡第一阶段被惊醒，只要平心静气，就可以很快再进入睡眠。
