保存菌种的方法，应根据菌种的类型和保存目的进行选择，一般包括以下几种方法：
1、培养基保存法：此法不需要特殊设备，并可随时提供使用，为常用的一种保存方法，其缺点是易发生变异。营养要求
不高的细菌，可用半固体保存法，一般2～3月转种1次，并检查菌株特性，如特性已改变，则需丢弃。特殊培养要求的细菌，如流感嗜血杆菌可接种巧克力琼脂斜面，密封后冰箱贮存，每2周转种1次。淋病奈瑟菌保存于巧克力琼脂，每天或隔天转种1 次，不宜4 ℃冰箱保存，因易死亡。
2、快速冷冻法：将纯培养细菌在液体培养基上增菌后，取数个新鲜菌落加入含小牛血清或脱纤维绵羊血的培养基内制成浓菌悬液，再放人无菌玻璃珠，将此瓶放入－30℃以下低温冰箱保存。需要时用无菌镊子取出1 粒玻璃珠置增菌培养液中，增菌培养后即可获得新鲜菌种。用此方法，大部分细菌可保存6 ～12 月，甚至更长时间。
3、冷冻干燥法：是菌种保存最佳方法，可以免去细菌因频繁传代而造成菌种污染、变异和死亡。此法需冷冻干燥设备，操作较费时，但适用于需要长期保存的菌种。
