1、如果舟山鱼缸里有青苔，需要先将鱼儿从缸中捞出，放到其它的地方养着，然后清理鱼缸。清理方法有两种，一种是用刷子刷，尤其要注意角落的地方，将它们全部清理干净。还有一种方法使用除藻剂，不过不会立刻见效，需要等一段时间。另外，无论哪种方法，清理过后都需要重新开缸养水。
2、减少光照：水里的青苔和陆地上的不同，它们在有光的地方生长速度会更快，因此可以将鱼缸放到阴凉处，避免受到直射光，如果缸内有灯的话，也不要长期开灯。
3、定期换水：每隔一段时间换一次水，也能有效的预防青苔生长。通常一周可以一换，换水的水量在四分之一到三分之一之间，这样可以减少水中的废物，降低一些对其生长有利的养分。
4、养鱼啃食：如果决定清理太麻烦，也可以养一些专门吃青苔的鱼，冷水鱼中金鱼就是不错的选择，而热带鱼的选择就更多了，很多小型热带鱼都会啃食青苔，比如孔雀鱼、月光鱼、黑玛丽鱼等等。除此之外，一些丝足鲈科的鱼也有吃青苔的习惯，比如蓝曼龙、丽丽鱼等，也可以选择清道夫或鼠鱼。需要注意的是，混养有一定的风险，一定要确保它们不会相互打架才行。
