1、蜂蜜柠檬水不能空腹饮用，原因是柠檬蜂蜜水中富含有机酸等酸性物质，加之喝蜂蜜柠檬水还能促使胃部大量分泌胃酸，若长期空腹饮用极易因胃酸过多而引发胃肠疾病，另外本身胃酸过多的人也要尽量少喝蜂蜜柠檬水。
2、蜂蜜柠檬水不能过量饮用，原因是柠檬蜂蜜水中富含葡萄糖和果糖等单糖，虽然单糖相对于其他糖类较不易转化成脂肪，但长期过量饮用也易因糖分摄入过量而引起肥胖，严重时甚至可能因肥胖而诱发糖尿病等代谢疾病。
3、蜂蜜柠檬水不能高温冲泡，原因是柠檬蜂蜜水中富含酶类等活性物质，但这些活性物质对温度敏感且高温下易失去活性，若冲泡水温超过60℃则大量活性物质将失去活性，因此柠檬蜂蜜水一定要用60℃以下的温开水冲泡。
