鱼类一般用鱼鳃呼吸。当水流经过鱼鳃的时候，鳃丝内的微血管可以获取水中的氧气，同时还能排出二氧化碳。除了鱼鳃外，还有一些鱼类具有其它的辅助呼吸器官，比如非洲的肺鱼可以用它们的鱼鳔呼吸，而泥鳅在水中氧气含量不足的时候，会游到水面将气体吞入肠道呼吸，弹涂鱼还能用皮肤呼吸。
一、鱼鳃
对于大部分鱼类来说，呼吸依靠的都是鱼鳃。当水流从口中进入，经过鱼鳃排出的时候，鳃盖上鳃丝密布的微血管就会完成气体交换，从而能获得氧气，同时还能释放二氧化碳。值得一提的是，鱼鳃只能在水体中才能发挥作用，到了空气中鳃丝就无法起到作用了。
二、鱼鳔
在非洲有一种名为肺鱼的鱼类，这种鱼除了可以用鱼鳃呼吸外，还可能用鱼鳔呼吸。由于当地特殊的气候，每过一段时间就会进入枯水期，此时河流的水会干涸，原本在水中的肺鱼就要依靠鱼鳔中的氧气来呼吸。同时它们还会将自己藏在淤泥中，并且进入休眠状态。
三、肠道
泥鳅是一种底栖鱼类，它一般生活在浅水环境中，而且水底有很厚的淤泥。这种动物在水中缺氧的时候，可以在水面进行呼吸，它将空气吞入到肠道中，从而获取氧气。和肺鱼一样，在水池干涸的时候，它们也能潜入到泥中，只要有少量的水分保持身体湿润，就不会死掉。
四、皮肤
弹涂鱼是一种栖息在河口、港湾以及各种浅水区的鱼类，当退潮的时候它们会到滩涂中觅食，由于离开了水，所以不能用鳃呼吸了，它们可以通过皮肤以及口腔黏膜来获取氧气。
