孔雀鱼近亲繁殖3代就会退化，因为近亲繁殖的基因会越来越弱，当繁殖到第三代的时候，基因基本就会完全退化。即使亲鱼可以繁殖出小鱼，小鱼也有很大可能会出现长不大或早夭的情况。孔雀鱼近亲繁殖是指一公一母产下的后代再进行繁殖，如果孔雀鱼母鱼和不同的公鱼繁殖，这种情况一般是没有太大问题的。
孔雀鱼近亲繁殖3代就会出现退化的情况，因为近亲繁殖的孔雀鱼原始的基因会越来越弱。当它们繁殖到第三代的时候，基因基本上就会完全消失，所以孔雀鱼近亲繁殖到3代的时候，就会出现退化的情况。基因退化生出的小鱼，体型会比较小，而且孔雀鱼的特征也会变得不明显甚至消失。有一些小孔雀鱼还有可能会出现体弱多病或早夭的情况。
1、选择亲鱼：要想让孔雀鱼繁殖出好的后代，饲养者就需要选择合适的亲鱼进行交配。在选择亲鱼时，首先要注意是否近亲，近亲的孔雀鱼繁殖出的后代会出现基因退化的情况。其次就是要注意外形特征，要选择特征比较相近的孔雀鱼，这样后代的基因才会更加明显。最后就是观察一下亲鱼的身体是否强健、外形是否完整。
2、繁殖：孔雀鱼发情以后公鱼会不断的追逐母鱼，如果母鱼接受它们的追求，就会配合它们进行交配。交配成功后，鱼卵会在母鱼的体内发育一段时间，等鱼卵发育成小鱼后，就会开始生产。由于孔雀鱼是卵胎生，所以它们生产的时间相对来说会更长一些，饲养者需要仔细观察，避免它们出现难产的情况。
