孔雀鱼近亲繁殖3代以内没有什么问题，因为3代以内近亲繁殖会保证品种的纯正性，而且还可以保留亲鱼的特征。但是孔雀鱼近亲超过3代，可能会导致它们出现基因退化的现象，导致繁殖出的后代长不大、体弱多病、特征逐渐减退等问题。但是这只针对于同一对公母产出的后代，如果是母鱼和其它鱼繁殖的，就不会出现这种情况。
孔雀鱼3代以内近亲繁殖没有什么太大的问题，相反，3代以内繁殖还能保证孔雀鱼品种的纯正性。另外，近亲繁殖还可以保留亲鱼的特征，使亲鱼的特征在后代身上更加明显。
但如果孔雀鱼近亲繁殖超过3代，它们就会出现基因退化的情况。比如繁殖出的后代体型会变得比较大，而且成年以后也长不大。另外，繁殖出的后代还有可能会出现体质变差、体弱多病的情况。严重的话，还有可能会出现胎死腹中的情况。
二、孔雀鱼怎么才能控制性别
孔雀鱼是卵胎生的鱼，它们繁殖出的后代性别是不可控的。正常情况下，孔雀鱼繁殖出公鱼的比例是较少的，一般只会占总数量的三分之一。母鱼的比例较多，能占总水量的三分之二。如果单单靠人为的方式，是无法精准控制它们的性别的。
虽然无法精准的控制孔雀鱼的性别，但是饲养者可以通过水温来控制它们繁殖的性别。如果想多繁殖一些公鱼，可以将水温提升到26℃以上。偏高一点的水温可以增加繁殖公鱼的几率。
