朱元璋两次大屠杀的对象，都是他初起兵时亲如手足的患难朋友。他们为朱元璋出生入死，当他们以为可以分享富贵时，却被朱元璋施以惨无人道的酷刑并株连九族。这两次大屠杀不过是成批地死亡，事实上朱元璋每天都在屠杀,前后屠杀了四万多文臣武将。
像皇太子的教师宋濂，是元末明初文才最为出众的人物，朱元璋尊称他是“圣人”，来往宫中如同一家，因他孙儿牵扯到胡惟庸案中，朱元璋翻脸不认人，昔日的上宾一眨眼成了阶下囚。宋濂被贬到穷困的蛮荒，没几年就死在那里。朱元璋最信任的智囊刘基，他对明王朝的功绩和诸葛亮对蜀汉王国的功绩不相上下，但他的结局和诸葛亮不能相比，他的高度智慧使朱元璋浑身不自在，最后朱元璋将其毒死后嫁祸于胡惟庸身上。
平定云南的大将傅友德，父子同时绑赴刑场腰斩。平定广东的大将朱亮祖，父子同时惨死在钢鞭之下。大臣李仕鲁在金銮殿上辞职，朱元璋认为是看不起他这个皇帝，当即命武士将李仕鲁摔下殿堂，脑浆崩裂而死。在所有共患难的朋友中，只有三个人没有被扣上谋反的帽子，一是常遇春，一是徐达，一是汤和。常遇春运气最好，天下还没太平就早早地死掉。徐达的死和处决没啥分别，他患一种疽疮，最忌鹅肉。朱元璋偏偏送一碗鹅肉给他，并命送鹅肉的宦官在旁监视他吃掉，徐达一面吃一面流泪，当晚毒发身死。只有汤和一人寿终正寝，因为他看上去傻乎乎的，不具备承载野心的智商。在朱元璋统治时期，朝中人人自危，每时每刻都担心飞来横祸，官员们每天早上入朝，即跟妻子诀别，到晚上平安归来，合家才有笑容。
李善长是朱元璋的第二大谋臣和功臣，和朱元璋是儿女亲家。但朱元璋对他仍不放心，必欲去之而后快。恰好其弟李存义和胡惟庸联姻，朱元璋便借此大做文章，指使坐罪胡惟庸案的丁斌(李善长的私亲)告发李存义曾串通胡惟庸谋反。狱吏对李存义父子施以重刑，二人熬刑不过，只好按狱吏的主意(实则是朱元璋的主意)“承认”是奉了李善长的指使。那时一班朝臣，希承意旨，联章交劾善长，统说是大逆应诛，一桩“谋反案”就此制造出来。此时朱元璋还要故作姿态，说李善长是大功臣，应法外施恩。偏偏太史又奏言星变，只说此次占星，应在大臣身上，须加罚殛，于是太祖遂下了严旨，赐善长自尽。此时李善长已七十七岁，所有家属七十馀人，尽行处斩。只有一子李琪，曾尚临安公主，得蒙免死，流徙江浦。外如吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、江南侯陆聚、宜春侯黄彬、豫章侯胡美即胡定瑞、荥阳侯郑遇春等，一并押赴刑场处斩。
关于朱元璋疯狂屠杀功臣元勋的心理动因，后世历史学家有不同的解释，最有代表性的解释是，朱元璋看到皇太子懦弱，担心他死后强臣压主，所以事先消除隐患。这种解释有一则宫廷秩闻可为佐证：有一天皇太子劝说父亲不要杀人太多，朱元璋把一根长满了刺的棍子丢在地上，命皇太子用手拾起来。皇太子一把抓住刺棍，结果给扎破了手掌并连声呼痛。朱元璋说：我事先为你拔除棍上的毒刺，你难道不明白我的苦心吗!就算上面的解释是真实的，也说明被杀的功臣全蒙受不白之冤，“谋反”根本是莫须有的罪名，而在屠杀功臣的同时也助长了司法制度的黑暗。
皇太子懦弱而皇太孙年幼也许是原因之一，但恐怕不是主要的原因。之所以如此，主要是朱元璋的自卑心理在作祟。朱元璋出生于一个极度贫苦的家庭，父母双双死于瘟疫，很小就成了孤儿。他放过牛，当过干粗活的小和尚，天下大乱时又被迫落草为寇，在底层社会受尽欺凌。因为出身过于卑贱的缘故，朱元璋对上流社会既羡慕又仇恨，既想拼命挤进去又恨不得把上层人士踩在脚下报复蹂躏。他没有机会接受系统的教育，缺少做人的崇高理想和高贵情操，因此不可能把苦难身世演变为改造社会普济天下苍生的动力，相反因为自己没有学问，便对有学问有才能的人嫉妒得发狂。像胡惟庸、李善长、刘基等人，都是运筹帷幄、决胜千里的智囊策士，朱元璋的江山是他们三人智慧的结晶。在本质上，自卑感过重的领袖跟有才干的部属不能并存，因此他们三人在朱元璋的力量不够强大时还可被委以重任，一旦朱元璋意识到自己没有他们也有足够的安全保障时，他们的生命也就完结了。宋濂也是出身贫寒，身世和朱元璋相近，按理会同病相怜，但宋濂太有学问，朱元璋最终还是容忍不了。
