与刘裕同时代的北魏谋士崔浩曾因北魏主拓拔嗣之问，就刘裕与后燕主慕容垂作了比较，他认为刘裕无疑胜于慕容垂。因为慕容垂有其祖慕容皝、其父慕容廆为他打下的基础，“藉父兄之资，修复旧业，国人归之，若夜虫之就火，少加倚仗，易以立功”;刘裕则不然，他与西汉楚元王刘交相距毕竟已有五六百年，沾不了祖宗“先前阔”之光。他“生而母死，父翘侨居京口，家贫，将弃之”，还是他的“从母”断了自己儿子的奶把他养大的。青少年时，刘裕“以卖履为业，好樗蒲，为乡闾所贱”(参见《资治通鉴·晋纪三十三》)所以崔浩说刘裕“奋起寒微，不阶尺土，讨灭桓玄，兴复晋室，北禽慕容超，南枭卢循，所向无前，非其才之过人，安能如是乎!”(参见《资治通鉴·晋纪四十》)
东晋时期，士族豪强挟主专横，政治腐败，民生凋敝，安帝即位以后更是变乱不断，民不聊生。官逼民反，孙恩起义与别的农民起义一样，有其一定的合理性，故一旦起事，“八郡皆为恩有”。孙恩的政治目标，上策为改朝换代;中策为割据一方;下策为退守海岛。孙恩之军虽称“义军”，却并非仁义之师，在攻城掠地之时，烧杀掠抢，无所不为，“民有不与之同者，戮及婴孩，死者什七、八”。刘裕参加刘牢之的军队去讨伐孙恩，最初恐怕并无更多的考虑，这位“以卖履为业”,“为乡闾所贱”的年轻人，只想籍此改变自己的处境，以“讨贼”为业，也算是“上帝”为他打开的另一扇门。他在“讨贼”的过程中，以英勇和谋略不断立功，在丹徒大败孙恩，在郁洲大败孙恩，在海盐大败孙恩，一路追击，三战三捷，迫使孙恩从浃口逃到临海，最后投海而死。
桓玄是晋孝武帝时桓温的少子，乘孙恩之乱，排除异己，拓展势力，得以掌控东晋朝政，并于公元403年冬季登上帝位，大封桓氏子弟为王，大兴土木修缮宫室，更使百姓疲累，朝野劳瘁。刘牢之即是桓玄排斥的异己。那时刘裕暂投桓玄并被任命为中兵参军，但他行的是韬晦之术，就在桓玄篡位之后，即公元404年2月，刘裕在秘密联络北府兵将领之后，“帅二州之众千七百人”起事，“军于竹里，移檄远近”，迅速占领京口，斩徐州刺史桓修;进攻广陵，杀青州刺史桓弘，率兵直扑建康。桓玄闻讯，命桓谦、卞范之率兵二万出城御敌。刘裕率众奋击，桓谦诸军顷刻溃散。桓玄不得不在几千名亲信的护卫下仓惶出逃。他从登基称帝到兵败出逃去荆州刺史桓石康处，共经八十天;从称帝到由江陵逃去汉中梁州刺史桓希处的途中被杀，前后不到半年。晋恭帝司马德文日后在禅让刘裕之时说：“桓玄之时，晋氏已无天下，重为刘公所延，将二十载;今日之事，本所甘心。”禅让是否真的那么甘心暂且不论，“桓玄之时，晋氏已无天下，重为刘公所延”却是事实。
卢循原是孙恩的妹夫，也曾与孙恩一起起义，孙恩兵败之后卢循南逃，逐步占据岭南一方，此后的卢循已成军阀割据势力。公元410年，卢循起兵进攻江州，直逼建康。被“朝廷急召”而回的刘裕面临卢循的十余万大军，在兵力悬殊的情况下仍决意死战。他以木栅阻断石头城及淮口，修治越城(今江宁县南)并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，使卢循大军无从下手，被逼退兵。那年十月，刘裕由防守转入进攻，以火攻击败卢循船队，又在左里(今鄱阳湖口)再败卢循，迫使卢循南逃广州，而他的据点番禺已被刘裕事先派出将领攻占，卢循也为交州刺史杜慧度所杀。
刘裕讨伐南燕，在他“南枭卢循”之前。公元409年，慕容超在南燕袭位后，纵兵肆虐淮北，俘虏阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱掠百姓千余家，刘裕决意反击，经过几番激战，直到公元410年六月，攻入广固内城。慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，南燕灭亡。就像刘裕翦灭军阀割据势力并不只是“南枭卢循”一样，刘裕北伐，平定外乱，也不仅是“北禽慕容超”。后秦也曾侵占东晋的南乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡，在刘裕讨伐南燕的过程中，后秦主姚兴又应慕容超之请，横插一刀，兴兵十万，屯据洛阳，并遣使向刘裕宣称，倘若晋军不还，当长驱直进。公元416年，姚兴去世，姚泓继位，后秦内乱迭起，政局不稳。刘裕认定这是去除后秦的良机，于是亲率大军分四路北伐，公元417年冬，刘裕麾下大将王镇恶一举攻陷长安，已经败退长安的姚泓投降，后秦宣告灭亡。
