1644年的中国，正是明清交替之际。历史舞台上有三位主角：明朝皇帝朱由检、农民起义军闯王李自成、清朝摄政王多尔衮，或许还应加上一位，明朝的辽东总兵吴三桂。其实，还有一位主角一直为人们所忽略：小小老鼠。
崇祯十七年(1644)，三月十五日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。三月十六日，大顺军到达昌平。昌平巡抚何谦逃走，总兵李守自缢。大顺军乘势焚毁了明十二陵的享殿。十七日，他们已经到达了阜成门外，将北京城包围。
这时的李自成，命令一位投降了自己的明朝太监杜勋入城，要与崇祯皇帝朱由检谈判。在十七日的夜里，杜勋用箭向北京城头射了一封信，说他要见皇帝，太监王承恩将他用绳子拽了上来。杜勋告诉崇祯帝，李自成开出的条件是：割西北疆土给他，另立为王，此后他将不奉诏、不入觐。另外，再给白银100万两犒军，他就可以暂退河南。
接下来发生的事，人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在三月十七日攻破北京城，朱由检仓皇出逃，在故宫后的景山吊死在一棵老槐树上。
这里就有一点让人搞不懂：以李自成的实力，打败眼前的明朝军队根本不是问题，又何必开出“西北王”的谈判条件?如果朱由检真的答应了，他还真退兵不成?
就在李自成进军北京的路上，二月，他曾在宁武关与明军有过一场激战。那一仗，明朝守军不过几千人，李自成的人马有几十万，但明军守将周遇吉拼死抵抗，大顺军还中了明军的计，让人包了饺子，一下子折损几千人。最后，李自成用人海战术，前赴后继以数万人的代价，才拿下宁武。
惨胜之后，李自成心有余悸，说前面的关隘还有很多，都这样打还受得了?不如先班师回西安吧。不料就在他们想退之时，忽然又收到明朝大同和宣府的总兵的降表，于是又改变计划，决定继续向北京进发。
所以，或许可以这样推论，连李自成自己都没想到，北京城拿下得如此轻松。按理说，他在宁武关遇到的只是一员总兵官的部队，那么防守京城的，岂不是明朝最精锐的御林军?
然而，崇祯十七年三月李自成所面对的北京，实际上已是一座病疫蹂躏下的鬼城。后人在讲到明末清初改朝换代的这段历史时，往往都注重讲政治大势、军事攻防，历史学家们很少有人关注到这场发生在崇祯十六年(1643)北京城的惨烈大疫。
1997年，上海交通大学历史系的曹树基教授在他的论文《鼠疫流行与华北社会的变迁(1580~1644)》中，提出了明末华北地区流行的大疫实际就是鼠疫。在2006年他与李玉尚合写的《鼠疫：战争与和平》一书中，又对此观点进行了完善和补充，明确提出：“老鼠‘消灭’了明朝。”
曹树基的史料根据，大部分来自华北一带清朝末年的地方志。根据他的勾勒，这场大疫，是从崇祯六年(1633)到崇祯十七年(1644)间流行的，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。崇祯十四年(1641)时，大疫传到河北大名府、顺天府等地，那里的地方志上都有“瘟疫，人死大半。互相杀食”的记载。崇祯十六年(1643)，也就是北京城破的前一年，北京也发生了大疫。
为何判定北京的这场大疫是鼠疫?曹树基查到的地方志记载和明人当时的笔记，人们称这场大疫为“疙瘩瘟”“疙疽病”，这实际是对腺鼠疫患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者”。有一个叫吴彦升的官员，刚准备去温州赴任，他的一个仆人死了。他命另一个仆人去棺材店买棺材，久久不见回来，原来他竟然死在了棺材店里。有一对新婚夫妇，婚礼之后，夫妇坐于帐中很久没有出来，打开帐子一看，夫妇两人死于床的两头。只有鼠疫才能有如此烈性的威力。这场鼠疫，发生在北京城破前一年的二月到九月。
台湾的著名明史专家邱仲麟，于2004年在《明代北京的瘟疫与帝国医疗体系的应变》一文中，对北京的这场大鼠疫有更详细的描述。到崇祯十六年(1643)四月时，北京每天死的人数已达上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，连街头玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这场大疫夺走20万北京人的生命，而北京城当时的人口，估计在80万到100万，也就是说，每四到五个北京人中，就死掉了一人。“堪称是一场超级大瘟疫”，邱仲麟写道。当时的北京城里盛传种种白衣人勾魂的流言，一到晚上，民间整夜敲击铜铁器驱鬼，“声达九重”，官方也没法制止——这是怎样的一座鬼气森森的城市!
