收复台湾之后，朝廷发生了争执，有人主张放弃这个弹丸之地，而施琅从政治、经济、军事等角度据理力争。
康熙权衡利害关系，最后采纳了施琅的意见，决定留住台湾，他说：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可”
康熙二十三年(1684)四月，康熙将台湾再次納入中国版图，设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省。同时，设官兵镇守并且治理。台湾设巡道一员、总兵官一员、副将二员，兵8000人;设澎湖副将一员，兵2000人。
中华大统一的局面形成了，清政府为了促进台湾经济的发展，从康熙、雍正到乾隆都采取了一系列有力措施。
(1)大力推行垦荒政策。一是组织在台清军参加垦荒。施琅的一个参将陈致远就“募佃开垦田园二万余亩”。二是招徕流民。原来，福建省人民大多在春时往台耕种，秋时回籍。康熙五十一年，清政府允许内地知县对去台之人发给执照，文武官员验照放行。雍正十年以后，清政府则允许去台之人携带家眷。这就促使台湾人口激增，到了乾隆年间，去台湾定居的东南沿海各省人民达数十万之多。追至嘉庆十六年，在台汉民已逾200万。这些移民将大陆上先进的铁制耕具和生产技术带到台湾，同当地汉人、高山族人民一起掀起了开发台湾的新高潮。以台湾府为例，在郑氏统治时期，全府田园总数为18753甲(每甲约合十一亩);在康熙二十四年至雍正十三年的五十一年间，共开垦田园34400甲;在乾隆五年至九年，又增垦2850甲。台地日辟，生齿日繁，人烟辐辏，市摩渐兴。
(2)兴修水利。康熙年间，台湾府所属各县广泛兴修水利，取得了很大成绩。如诸罗县就曾修破70、圳5，“蓄泄三年之间，田谷倍获”
(3)减轻台湾人民的负担。康、雍、乾时期，清政府采取了一些措施，以减轻台湾人民的负担。首先，减免赋税。台湾在荷兰殖民者和郑经统治时期赋税繁重：“上则(田)年征谷十八石，中十五石六斗，下十石二斗”;康熙时减为：上则田年征粟八石八斗，中则田七百四斗，下则田五石五斗;雍正时再减为：上则田二石八斗，中则田二石二斗，下则田一石九斗。乾隆时更多次下令，对台湾“应加薄赋之恩”，同时采取了一些相应的措施，其中包括把施琅后代每年在澎湖倚势得的1200两规礼银予以废除。其次是减少丁银。郑经统治时期，“每一丁年征银六钱。本朝(康熙时期)征额每一了年四钱七分”;再次是降低物价。康熙二十二年，即台湾未归附大陆之前，台湾米“每石某银五两”。归附大陆的第二年，台湾“百货俱贱”，“谷价每石二钱”。康熙二十五年，“上好白谷，每石一钱六分”。
康、雍，乾时代，台湾的农业、畜牧业和手工业都有了很大的发展。雍正年间，“上田一甲收谷百石，中七十石，下四十石”，每年稻米产量达七八百万石之多。桑棉种植十分普遍和兴旺，“鸡豚之畜数倍内地”。手工业。尤其是制糖业更得到了迅速的发展。在康熙年间，台湾三县“植蔗为糖，岁产五六十万(篓)”。每篓合一百七八十斤，总产量一亿多斤，不仅销售沿海，进人京津，而且远销国外。因此，史称台湾“糖谷之利甲天下”。
随着农业、手工业的发展，台湾社会也出现了资本主义萌芽。康熙时期，在制糖业中就出现了“雇募人工”的手工工场，以后又出现了先付钱后取货的资本主义经营方式，即国家包买商。他们“于新谷未熟，新油。新糖未收时给银先定价值，俟熟收而还之”。
由于各项事业的发展，台湾与内地的联系与往来不断加强。清朝政府允许沿海地区的百姓浮海贸易，同时还对“捕鱼虾小船及民间日用之物并湖口贸易，悉免其出税”。因此，海上贸易十分盛行，地区也相当广泛，“北至宁波、上海、天津、锦州，南至粤东，对渡台湾，一岁往来数次”。进行贸易的商品种类繁多，据记载：台湾“海船多漳泉商贾贸易，于漳州则载丝线、漳纱。剪绒、纸料、烟、布、席草、砖瓦、小杉料、鼎铛、雨伞、柑。袖、青果、桔饼、柿饼;泉州则载磁器、纸张;兴化则载杉板。砖瓦;福州则载大小杉料、于笋、香菇;建宁则载茶。回时则载米、麦、寂豆、黑白糖、锡、番薯、鹿肉，售于厦门请海口。载糖、靛、鱼翅至上海，小艇拨运姑苏行市，船回则载布匹、纱缎、桌棉、凉暖、帽子、牛油、金腿、包酒、惠泉酒。……关东贩卖乌茶、黄茶、绸缎、布匹、碗、纸、糖、面、胡椒、苏木，回日则载药材、瓜子、松子、棒子、海参、银龟、蛏干”。通过贸易往来，互通有无，有力地促进了台湾和大陆经济的迅速发展。
