1、南瓜中富含胡萝卜素，长期食用后，可沉积于角质层中，出现皮肤变黄的现象，也称为胡萝卜素性黄皮病，可能会影响外在的美观。严重者可对肝脏造成负担，甚至引发肝脏疾病。
2、南瓜中含有大量膳食纤维，过多食用可加重胃肠道负担，尤其是对于胃肠蠕动欠佳的患者，可导致腹胀、打嗝、腹痛等胃肠道不适的症状。
3、南瓜也可导致部分患者过敏，出现过敏反应，包括皮肤瘙痒、打喷嚏、流涕等症状。同时患有足癣、黄疸的患者，以及胃溃疡、急慢性胃炎的患者不宜多吃南瓜，易加重病情，不利于疾病恢复。此外，南瓜性温，长期多食容易造成上火，如口腔溃疡、咽喉痛等。
