中国资本主义萌芽研究是现代中国史学的主要组成部分之一，对于现代中国史学的发展曾起过非常重要的推动作用。这种作用表现在：首先，这个研究突破了长期支配中国传统史学的那种“中国即天下，天下即中国”的狭隘眼光，把中国历史纳入世界历史的范围之中来加以研究，从而促使中国史学摆脱了原有的封闭状态，成为国际现代史学的一个部分。特别要强调的是，这个研究实际上是以欧洲经验作为参照系来研究中国，而这一点也很有意义，因为在世界历史从前近代到近代的转变过程中，欧洲占据了突出的地位，因此其经验对于其他国家的研究来说自然也具有重要的参考价值。再次，这个研究打破了自黑格尔以来盛行于西方的“中国停滞”论及本世纪中期以来流行的“冲击—回应”模式的束缚，使得我们能够以发展的眼光来看待中国的历史，并把研究的重心放到中国自身，着重从中国内部去发现推动近代中国历史发展的动力。复次，这个研究促使学者们对于与“资本主义萌芽”相关的商品经济、雇佣劳动、早期工业化等重要问题，进行了深入的探讨。即使是不赞同“资本主义萌芽”这一提法的学者，也不能不接受这些探讨所得出的成果和结论。最后，在对资本主义萌芽本身的研究上，方法和理论也有明显的改进。这对于中国经济史学之社会科学化也起了重要作用。总而言之，这个研究，对现代中国史学的发展确实起了不可磨灭的积极作用。
然而，以往的资本主义萌芽研究中也存在着若干重大问题，使得这个研究今天面临着严峻挑战。
首先，在我国，由于特定的历史环境，资本主义萌芽并不仅仅是一个单纯的学术问题，而且也是一个具有强烈民族感情的问题。在近几百年中，西方迅速地走到了中国的前头，并使中国受尽了凌辱。之所以如此，一个重要原因是在西欧出现资本主义。按照一种简单化的逻辑，可以得出这样的结论：倘若我们不接受帝国主义者所宣扬的西方优越论及西方侵略是推动近代中国历史发展的主要力量的谬论，那么中国传统社会内部必然也存在一种同西方一样的历史发展动力———资本主义，而且这种动力终究会在中国引起与西方相同的历史发展进程。然而，这种由“别人有，我们也有”的“争气”心态引起的对西方的比附，从根本上来说，乃是缺乏民族自信心的一种表现。随着我国近２０年来国力的增强和国际地位的提高，民族心态也发生了颇大变化，因此年轻学者对资本主义萌芽研究的兴趣也在逐渐减弱。
其次，以往资本主义萌芽研究所赖以进行的理论基础，在近几十年中也逐渐发生了动摇。到底什么是资本主义？资本主义与市场经济之间究竟是什么关系？近代早期欧洲的经济发展是否必然会导致近代工业资本主义？西欧出现工业革命是必然的吗？……不弄清这些问题，就不可能了解什么是资本主义萌芽；而不了解什么是资本主义萌芽，所有资本主义萌芽的研究也就成了无本之木。以今天的眼光来看，过去我们对于以上问题的看法，不仅颇可争议，而且有些还有重大缺憾甚至严重错误。因此，建立在这些看法之上的资本主义萌芽研究，也日益暴露出破绽。马克思曾嘲笑过某位摩姆孙先生在每一个货币经济里都可以发现已有资本主义，而在我们的研究中，从战国到清代两千年的中国历史，竟然成为了一部各家各派都可以发现“萌芽”的历史。使用同样的材料和同样的理论、方法，对同一个对象进行研究，结论却分歧大到如此地步。因此之故，研究的科学性也难免令人生疑。
第三，以往资本主义萌芽研究的基本出发点，是世界各民族的历史发展都必然遵循一条共同的道路。资本主义是这条道路上不可回避的一个阶段，所以中国也必然要经历它。既然中国的资本主义不是如西方帝国主义者所说的那样是舶来品，当然就必须有自己的根，即中国资本主义萌芽。然而，中国近代的经历已证明了资本主义并非中国历史的必经阶段。在鸦片战争以后的一个世纪里，中国人学西方，追西方，竭力想把中国引上西方式的近代发展道路，但资本主义却一直未能在中国土地上蔚成气候；而自１９４９年以后，中国更进入了社会主义社会。中国从来没有经历资本主义的历史阶段这一历史事实，雄辩地证明了资本主义并非中国历史发展的必经阶段。如果我们尊重事实，不把资本主义视为中国历史发展的一个必经阶段，自然也就不必到历史中去苦苦地寻找中国资本主义的起源了。
尽管我们过去对欧洲经验的认识并不一定正确，尽管“资本主义是中国历史发展的必经阶段”这一论断与中国近代历史的实际进程不符，但是我们仍然坚信中国传统社会中必定有资本主义萌芽。这种信念的基础，是认为中国应该而且必定能够按照欧洲近代发展的模式去发展。然而，史学所研究的对象，只能是过去确实发生过的事，而不能是按照某种逻辑或理念“应当”发生的事。史学研究的任务，是在弄清事实的基础上重现过去，而不是对历史上没有发生的情况进行假设和预测。所以，我们可以讨论中国是否出现过“资本主义萌芽”，但是却不能根据某种逻辑或理念推定中国必然有过这个萌芽，更不能进而以此为基础去做“如果没有……，中国也将……”式的推论。在对中国自身的发展规律和特点的探索中，别的国家曾经发生过什么，只能作为参照，而不能比附。上述那种推论，实际上是按照欧洲的历史发展模式，来重新构建中国的历史。斯大林把马克思以欧洲经验为基础的规律绝对化了，却被我们奉为无可置疑的真理。
欧洲中心主义是建立在一种“单一”的和“直线进化”的史观基础之上的。然而世界历史却是多元的、变化多端的。如果把世界各民族的发展都视为单一的和直线性的，那么各个具体民族的历史还有什么独立研究的价值呢？约翰·希克斯（犑狅犺狀犎犻犮犽狊）指出：人类社会发展是有规律的，但我们对于历史发展规律的理论探讨却寻找的是一种“普通的”（狀狅狉犿犪犾）方式。这种方式并不一定符合所有的事实，所以我们应当承认各种例外，承认各种可能性①。吴承明先生更明确指出：马克思的五种社会经济形态是历史哲学的命题，而不是史学的命题，而“历史哲学理论的最大长处就在于它是超历史的”②。然而在很长的时期里，我们却将历史哲学理论当成了历史。这种做法本身就是违背马克思的思想的。
①〔英〕约翰·希克斯：《经济史理论》，英国牛津大学出版社，１９９１年英文版，６—７页。
②吴承明：《经济学理论与经济史研究》，《经济学研究》（北京）１９９５年４期。
