《政府信息公开条例》（以下简称《条例》）实施一年，虽然取得了重大进展和诸多成绩，对推动中国社会进步产生了积极的作用，但实践中存在的问题同样不少，政府信息公开在很多地方和部门还存在着障碍，这源于各种因素，包括《条例》本身的局限性。
首先，《条例》的位阶太低，它不是全国人大或者常委会制定的法律，只是一个行政法规，其调整范围有限。像党的机构的信息，如省委、市委、县委的信息，就不属其调整范围。而我国很多重大决策源于省委、市委、县委。党的机构的信息不公开，公民的知情权就难以完全实现。此外，法院、检察院、其他公权力机构的信息，《条例》也规范不了。
其次，《条例》上面还有很多相关的上位法，如保密法，档案法等，这些上位法大多是上世纪制定的，没有完全贯彻和体现信息公开的原则。如果两者发生冲突，按照“上位法优先”的原则，应该按法律办，《条例》的规定就难于实现。
再次，《条例》的某些规范过于原则、过于宽泛，如第14条规定“行政机关不得公开涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的政府信息”。关于“国家秘密”形式上容易界定，只要文件定了密级（秘密、机密、绝密）即可归入，但某些政府机关如果不想公开相应信息，完全可以滥定密级，以“国家秘密”为由拒绝公开信息。为此，必须确定实质性的界分标准。再比如商业秘密、个人隐私，“商业秘密”在《反不正当竞争法》里有个解释，但该解释还需要进一步细化。否则，许多企业，特别是违法企业，会将很多应向消费者公开的信息归入“商业秘密”，以规避公开。至于“个人隐私”，由于我国目前尚未制定《个人信息保护法》或《隐私权法》，在实践中更难于明确界定。再比如，《条例》第8条规定“行政机关公开政府信息，不得危及国家安全、公共安全、经济安全和社会稳定”。什么叫作“危及国家安全、公共安全、经济安全和社会稳定”？这种模糊的条款，很容易成为信息不公开的理由。
此外，《条例》实施的环境也有待改善，环境包括体制、制度、政府部门和政府公职人员的观念，等等。就观念而言，有些人总认为保密可靠、稳妥，信息公开风险太大，很可能会有损国家利益，因此能够不公开就尽量不公开，能够少公开就尽量少公开，这些观念在很多官员的头脑中根深蒂固。“民可使由之、不可使知之”，意思就是说不能让老百姓知道太多，知道太多就不好管理。法律、政策让老百姓知道了他就不好收钱了，不好摊派了。现在好多信息不公开，就是因为涉及到部门的利益。
最后，司法体制也是信息公开的环境问题，法院办案不独立，地方保护主义盛行。政府跟法院打招呼，市委、县委跟法院打招呼，法院对相应信息公开的案子就不敢审了，甚至拒绝受理与信息公开相关的行政诉讼，有时，法院驳回起诉、不予受理，连一个裁定也不给当事人，使当事人不能向上级法院上诉，只能活活受气。因此，没有独立的司法保障，公民获取公共信息的权利通常就是一句空话。
对于《政府信息公开条例》实施中遇到的各种困难、障碍，我们不能企望在很短的时间内得到解决，而应当循序渐进，从以下四个方面入手，寻求突破：第一，对《保密法》和《档案法》进行修改，将现代法治的理念和精神，包括信息公开、阳光政府的理念和精神贯彻到这些法律中去。第二，制定《保密法》和《档案法》的实施细则。如《保密法》关于密级（绝密、机密、秘密）的确定主体、标准、程序的规定，《档案法》关于解密年限、程序的规定，都可以通过实施细则将之具体化。第三，将《信息公开条例》上升为《信息公开法》，最好由全国人民代表大会通过，成为基本法律。同时，要在制度的约束下，促使政府部门和官员转变观念。
在法治国家，信息公开制度是保障公共权力透明的重要手段，相比之下，我们还有很大差距，甚至还没有一部真正意义上的信息公开法律。从这个意义上说，由国务院制定的《政府信息公开条例》仅仅是该项制度建设的第一步，并且由于各种主观和客观条件的限制，《条例》规定的公民获取公共信息的权利，更多的还停留在纸上，无法落到实处。因此，“为权利而斗争”仍是建构信息公开制度必须面对的现实。
